单细胞CRISPR筛选是基于CRISPR筛选的单细胞转录组测序技术，对CRISPR筛选文库进行单细胞测序，获得了单个细胞的sgRNA信息和转录组数据信息，再通过sgRNA在文库中的索引(indexes)来确定表型与相关扰动基因的对应关系。该测序的要点在于建立sgRNA与转录组数据的对应关系，基于这样的测序思路，已经开发出多种测序技术。比如Perturb...
传统的CRISPR筛选技术已经在高通量筛选目的基因和寻找药物靶点等方面广泛应用。 二、单细胞CRISPR筛选的原理 传统的CRISPR筛选仅仅知道筛选得到的候选基因与该表型相关,却无法得知该基因的调控网络。当我们想筛选产生表型的目的基因,并且还想知道每个目的基因对其他信号通路的影响,单细胞CRISPR筛选是一个很好的解决方案。 单...
一、传统CRISPR 文库筛选技术自从CRISPR文库筛选技术出现以后,以高通量的方式建立基因与表型的确定关系,成为大规模的基因筛选的最佳方案。传统的CRISPR 筛选技术,根据研究目的,合成靶向不同基因的sgRNA(single guide RNA, sgRNA),以慢病毒作为载体,将基因编辑系统转导至筛选细胞中,获得不同编辑事件的细胞混合库。经筛选培...
体内单细胞CRISPR筛选策略成功地在小鼠皮肤中实现了对克隆扩增的监测,并通过单细胞转录组学数据详细解析了各个细胞群的基因程序和克隆动态(Credit:Nature) 体内CRISPR筛选策略:图a展示了体内CRISPR筛选策略的示意图,包括超声引导的子宫内微注射技术,将携带500个单导向RNA(sgRNA)的慢病毒库注射到E9.5小鼠胚胎的羊膜腔内,...
单细胞CRISPR筛选首先需要根据target gene设计gRNA,然后将设计好的gRNA序列组装到慢病毒载体上用于后续细胞的转化,接下来将组装好的慢病毒对细胞进行转染,并对转染后的细胞通过流式或者抗生素的方法进行筛选。最后对筛选后的细胞通过10x平台进行捕获:在油包水的反应体系中,Gel Beads上的oligo序列会捕获细胞中的gRNA序列,...
三、单细胞CRISPR筛选方法 1. Perturb-Seq Perturb-Seq是在传统CRISPR筛选的基础上进行优化,并结合单细胞测序的高通量基因组功能分析方法[2]。该方法针对每个sgRNA设计一个引导条形码(guide barcode ,GBC) ,并在CRISPR慢病毒载体中添加GBC的表达盒。由于该表达盒可以用于单细胞测序的测序体系中,那么得到的数据便包含GB...
单细胞CRISPR筛选是基于CRISPR筛选的单细胞转录组测序技术,对CRISPR筛选文库进行单细胞测序,获得了单个细胞的sgRNA信息和转录组数据信息,再通过sgRNA在文库中的索引(indexes)来确定表型与相关扰动基因的对应关系。该测序的要点在于建立sgRNA与转录组数据的对应关系,基于这样的测序思路,已经开发出多种测序技术。比如Perturb-...
2023年11月16日,美国圣裘德儿童研究医院迟洪波团队在Nature期刊发表了题为:Single-cell CRISPR screens in vivo map T cell fate regulomes in cancer 的研究论文。 该研究使用单细胞CRIPSR筛选,在体内绘制了肿瘤T细胞命运调控网络。 揭示了促使耗竭T细胞前体/祖细胞(Tpex)细胞退出静息状态以及增强终末耗竭T细胞(Tex...
我们邀请了单细胞测序专家--10x genomics权争辉教授为大家讲解单细胞CRISPR测序的应用以及技术要点,并分享了一些实际案例,充分展示了CRISPR文库筛选和单细胞测序技术结合的潜力。 *字幕为机翻 仅供参考 知识 科学科普 生物 干货 测序 单细胞 CRISPR CRISPR文库筛选 ...
single-cell crispr screens in vivo map t cell fate regulomes in cancer 的研究论文, 利用单细胞 crispr (single-cell crispr, sccrispr) 筛选方法,系统地绘制了癌症中的基因调控网络,发现并研究了 ctl分化的检查点. 研究人员首先利用合...