单细胞CRISPR筛选是基于CRISPR筛选的单细胞转录组测序技术，对CRISPR筛选文库进行单细胞测序，获得了单个细胞的sgRNA信息和转录组数据信息，再通过sgRNA在文库中的索引(indexes)来确定表型与相关扰动基因的对应关系。该测序的要点在于建立sgRNA与转录组数据的对应关系，基于这样的测序思路，已经开发出多种测序技术。比如Perturb...
传统的CRISPR筛选技术已经在高通量筛选目的基因和寻找药物靶点等方面广泛应用。 二、单细胞CRISPR筛选的原理 传统的CRISPR筛选仅仅知道筛选得到的候选基因与该表型相关,却无法得知该基因的调控网络。当我们想筛选产生表型的目的基因,并且还想知道每个目的基因对其他信号通路的影响,单细胞CRISPR筛选是一个很好的解决方案。 单...
单细胞CRISPR筛选是研究潜在的发育、疾病和治疗反应机制的一种强有力的方法。通过逐个细胞地将CRISPR扰动和单细胞基因表达数据直接相关联,可以在不了解细胞类型或标记物的前提下,分析数百种不同的CRISPR扰动,并…
一文带你了解多种单细胞CRISPR筛选方法! 一、传统CRISPR 文库筛选技术自从CRISPR文库筛选技术出现以后,以高通量的方式建立基因与表型的确定关系,成为大规模的基因筛选的最佳方案。传统的CRISPR 筛选技术,根据研究目的,合成靶向不同基因的sgRNA(single guide RNA, sgRNA),以慢病毒作为载体,将基因编辑系统转导至筛选细胞中...
单细胞CRISPR筛选是基于CRISPR筛选的单细胞转录组测序技术,对CRISPR筛选文库进行单细胞测序,获得了单个细胞的sgRNA信息和转录组数据信息,再通过sgRNA在文库中的索引(indexes)来确定表型与相关扰动基因的对应关系。该测序的要点在于建立sgRNA与转录组数据的对应关系,基于这样的测序思路,已经开发出多种测序技术。比如Perturb-...
总的来说,这项研究展示了应用体内单细胞CRISPR筛选技术研究哺乳动物组织的强大力量,揭示了肿瘤进化中不同的TNF程序,并强调了理解表皮中克隆扩增与肿瘤发生之间关系的重要性。研究结果不仅为癌症的发生和发展提供了新的见解,还为未来开发针对TNF...
三、单细胞CRISPR筛选方法 1. Perturb-Seq Perturb-Seq是在传统CRISPR筛选的基础上进行优化,并结合单细胞测序的高通量基因组功能分析方法[2]。该方法针对每个sgRNA设计一个引导条形码(guide barcode ,GBC) ,并在CRISPR慢病毒载体中添加GBC的表达盒。由于该表达盒可以用于单细胞测序的测序体系中,那么得到的数据便包含GB...
2023年11月16日,美国圣裘德儿童研究医院迟洪波团队在Nature期刊发表了题为:Single-cell CRISPR screens in vivo map T cell fate regulomes in cancer 的研究论文。 该研究使用单细胞CRIPSR筛选,在体内绘制了肿瘤T细胞命运调控网络。 揭示了促使耗竭T细胞前体/祖细胞(Tpex)细胞退出静息状态以及增强终末耗竭T细胞(Tex...
我们邀请了单细胞测序专家--10x genomics权争辉教授为大家讲解单细胞CRISPR测序的应用以及技术要点,并分享了一些实际案例,充分展示了CRISPR文库筛选和单细胞测序技术结合的潜力。*字幕为机翻 仅供参考, 视频播放量 1058、弹幕量 1、点赞数 28、投硬币枚数 18、收藏人数 11
研究团队利用混合CRISPR筛选和10x单细胞CRISPR筛选来评估来源于人诱导多能干细胞(iPSC)的神经元中的基因功能,这项研究代表了iPSC神经元首次在全基因组范围进行了功能基因组学评估,并且本次研究还建立了一个开源的云端数据共享的CRISPRbrain新数据库平台,能够对分化的人类细胞类型的功能基因组学筛选进行汇总,让更多的研究...