1. Perturb-Seq Perturb-Seq是在传统CRISPR筛选的基础上进行优化，并结合单细胞测序的高通量基因组功能分析方法[2]。该方法针对每个sgRNA设计一个引导条形码（guide barcode ，GBC) ，并在CRISPR慢病毒载体中添加GBC的表达盒。由于该表达盒可以用于单细胞测序的测序体系中，那么得到的数据便包含GBC和转录组两部分。从中...
3)CROP-Seq是将U6-sgRNA表达盒大片段添加至Puro抗性基因后3′LTR区,这就限制了不能添加多个sgRNA。 Direct capture PerturbSeq则很好地解决了这些问题。Direct capture PerturbSeq是基于10×Gebomics公司的5′端和3′端的建库方法,开发了5′端和3′端两种检测sgRNA方案[5]。在5′端的检测方案中,针对sgRNA后面的...
1. 体内单细胞CRISPR筛查 为了用体内单细胞CRISPR策略监测克隆扩增,作者调整了CRISPR液滴测序(CROP-seq)系统,用mCherry使被感染的细胞能够被流式细胞仪筛选(图1a)。作者选了人类头颈鳞状细胞癌和皮肤鳞状细胞癌的150个最频繁的发生改变的基因(图1a,b)。用子宫内超声引导显微注射把慢病毒文库递送到E9.5小鼠胚胎的羊...
因此对CRISPR进行脱靶效应的研究以进一步优化sgRNA的设计和提升编辑效率是十分有必要的,故各种各样的脱靶测序技术应运而生,熟知的如GUIDE-Seq, CIRCLE-Seq, CHANGE-Seq等等,而在这里选择GUIDE-Seq分析进行教学是因为它是针对活细胞内基因编辑的高效脱靶测序方法。本文提供了对分析流程各步骤的分布详解和参考代码,并附上...
CROP-seq(CRISPR droplet sequencing,CRISPR液滴测序,生物通注)创造性地组合了基因组学领域两个最有希望的技术,能大规模完成前所未有的高通量基因调控的分析。此外,随着单细胞测序成本的下降,这种技术还可以生成人类基因组中23,000个基因的每一个基因调控影响的综合图谱。
1. Perturb-SeqPerturb-Seq是在传统CRISPR筛选的基础上进行优化,并结合单细胞测序的高通量基因组功能分析方法[2]。该方法针对每个sgRNA设计一个引导条形码(guide barcode ,GBC) ,并在CRISPR慢病毒载体中添加GBC的表达盒。由于该表达盒可以用于单细胞测序的测序体系中,那么得到的数据便包含GBC和转录组两部分。从中分析...
3)CROP-Seq是将U6-sgRNA表达盒大片段添加至Puro抗性基因后3′LTR区,这就限制了不能添加多个sgRNA。 Direct capture PerturbSeq则很好地解决了这些问题。Direct capture PerturbSeq是基于10×Gebomics公司的5′端和3′端的建库方法,开发了5′端和3′端两种检测sgRNA方案[5]。在5′端的检测方案中,针对sgRNA后面的...
1. Perturb-Seq Perturb-Seq是在传统CRISPR筛选的基础上进行优化,并结合单细胞测序的高通量基因组功能分析方法[2]。该方法针对每个sgRNA设计一个引导条形码(guide barcode ,GBC) ,并在CRISPR慢病毒载体中添加GBC的表达盒。由于该表达盒可以用于单细胞测序的测序体系中,那么得到的数据便包含GBC和转录组两部分。从中分析...
除了结合CRISPR和RNA-seq之外,Broad和UCSF研究人员同时采用了细胞条码策略,在对细胞内目的基因编辑效率进行检测的同时测量基因组干扰对细胞内各个基因转的录物影响。 Weizmann科学院的研究结果: 像UCSF和Broad团队一样,以色列Weizmann科学院科学家也开发了一种组合CRISPR / RNA-seq方法。在他们的研究(“Dissecting Immune...
结合所有的CROP-seq的结果,作者评估了gRNA的分配置信度(图1i),这个值取决于每个细胞检测到的基因数量。例如,如果每个细胞检测500个基因,置信度是38.7%,如果每个细胞检测4000个基因,那么置信度是78.9%。 图1i (2)单细胞CRISPR筛选t细胞受体诱导 之后作者利用了他们构建的系统,检测了Jurkat细胞里T细胞受体的活性。作者...