在本研究中，作者利用CRISPR-cas9在内的多种生物信息学工具识别了与Hippo信号通路相关的基因及其对癌症风险的潜在影响。具体研究如下：本文的亮点是使用了Depmap数据库的CRISPR-cas9 screening data，得到的基因是与细胞增殖显著相关的基因，与直接用Hippo通路效果更好。其他的分析则都很普通。结合Depmap数据库进行生信分析...
在本研究中,作者利用CRISPR-cas9在内的多种生物信息学工具识别了与Hippo信号通路相关的基因及其对癌症风险的潜在影响。具体研究如下: 本文的亮点是使用了Depmap数据库的CRISPR-cas9 screening data,得到的基因是与细胞增殖显著相关的基因,与直接用Hippo通路效果更好。其他的分析则都很普通。 结合Depmap数据库进行生信分析...
在本研究中,作者利用CRISPR-cas9在内的多种生物信息学工具识别了与Hippo信号通路相关的基因及其对癌症风险的潜在影响。具体研究如下: 本文的亮点是使用了Depmap数据库的CRISPR-cas9 screening data,得到的基因是与细胞增殖显著相关的基因,与直接用Hippo通路效果更好。其他的分析则都很普通。 结合Depmap数据库进行生信分析...
下载CRIPSR-Screening library list 因为我们利用的是张峰的GeCKO-V2-A文库,所以我们选择Human_GeCKOv2_Library_A_3_mageck.csv.zip 合并双端测序fastq文件 import os import re path='/home/00.raw_data' os.chdir(path) # 这里是修改工作路径,注意不要用os.system('cd')来操作。 seq_list=['A','B',...
全基因组CRISPR/Cas9高通量筛选人体细胞中的功能基因组学 英文名:《Genome-Wide CRISPR/Cas9 Screening for High-Throughput Functional Genomics in Human Cells》 简单说就是利用CRISPR/Cas9技术对人类的基因组(23对染色体上的全部基因,大约两万个)...
CRISPR/Cas9 library screening for drug target discovery. J. Hum. Genet. 2018, 63, 179-186. [CrossRef] [PubMed]Kurata, M., Yamamoto, K., Moriarity, B. S., Kitagawa, M. & Largaespada, D. A. CRISPR/Cas9 library screening for drug target discovery. J. Hum. Genet. 63, 179-186 (...
Genome-wide functional screening using the CRISPR-Cas9 system is a powerful tool to uncover tumor-specific and common genetic dependencies across cancer cell lines. Current CRISPR-Cas9 knockout libraries, however, primarily target protein-coding genes. T
Genome-wide functional screening using the CRISPR-Cas9 system is a powerful tool to uncover tumor-specific and common genetic dependencies across cancer cell lines. Current CRISPR-Cas9 knockout libraries, however, primarily target protein-coding genes. T
LentiPool CRISPR Libraries empower CRISPR-Cas9 screening without the need for high-throughput infrastructure. These high-quality pooled lentiviral libraries cover the same gene targets as our LentiArray libraries and are delivered as ready-to-use high-titer (>1 x 108 TU/mL) lentivirus particles fo...
A benchmark of computational methods for correcting biases of established and unknown origin in CRISPR-Cas9 screening data Alessandro Vinceti Raffaele M. Iannuzzi Francesco Iorio Genome Biology (2024) Adenine base editors induce off-target structure variations in mouse embryos and primary human T ce...