例如gene A在样本rep1中的TPM: 5/1.5=3.33 TPM与FPKM\RPKM的比较 ①TPM与FPKM\RPKM都校正了测序深度与基因长度,只是顺序上有所不同。TPM的归一化方法确保了每个样本中所有TPM值的总和是相同的(固定的尺度转换因子1,000,000)。这是TPM相比于RPKM/FPKM的重要优势。如下面饼图示例所示:对于TPM来说,每个样本的总...
counts2FPKM<-function(count=count,efflength=efflen){PMSC_counts<-sum(count)/1e6#counts的每百万缩放因子(“per million” scaling factor)深度标准化FPM<-count/PMSC_counts #每百万reads/Fragments(Reads/Fragments Per Million)长度标准化FPM/(efflength/1000)}#FPKM与TPM的转化FPKM2TPM<-function(fpkm){fp...
1.CPM是设备部门主导，TPM是生产部门主导。 CPM主要工作由具有设备管理与维修专业能力的设备部门和设备人主导，生产部门辅助，而且组织实施的掌控权也在设备部门和设备人手中，因此，CPM是完全置于设备人和设备部门控制之下的项目。 这与TPM差别极大，TPM推行主...
RPKM/FPKM并不能准确代表相对RNA摩尔浓度,并且可能存在偏差,使得识别差异表达基因的结果偏向于不同。这是因为每个样本的总标准化计数都会不同,于是有科学家提出TPM(每百万转录本)作为RPKM的替代方案。 通过将基因的RPKM除以所有基因的RPKM值之和,并乘以10^6,可以将RPKM值转换为该基因的TPM。 TPM相当于重新标准化的...
CPM与TPM 1.CPM是设备部门主导，TPM是生产部门主导。 CPM主要工作由具有设备管理与维修专业能力的设备部门和设备人主导，生产部门辅助，而且组织实施的掌控权也在设备部门和设备人手中，因此，CPM是完全置于设备人和设备部门控制之下的项目。 这与TPM差别极大，TPM推行主要是生产口实施和掌控，设备部门和设备人在TPM...
同RPKM一样,TPM对基因的长度进行了校正,计算比对到基因上的reads/基因长度得到长度校正的表达量 reads per kilobase (RPK)。再以文库中RPK之和作为Scale Factor求出TPM。 相比于RPKM使用read counts之和来作为文库校正因子,TPM使用RPK之和作为文库校正因子的好处是考虑了不同样本间的基因长度的分布。因为RPK是一个...
3. RPM（Reads Per Million）或CPM（Counts Per Million）与RPKM相似，但不需要将读段长度标准化。它们适用于表达量较低的基因或转录本。4. TPM（Transcripts Per Million）是另一种标准化表达量的方法，通过将映射到转录本的读段数除以总映射读段数、转录本长度和基因组长度来计算。这有助于消除由于...
TPM标准化方法首先对基因长度进行标准化，然后对测序深度进行标准化，公式为：TPM = RPKM / (ΣRPKM) * 10^6。这种方法保证每个样本中所有TPM的总和相同，便于比较样本间基因读数比例。综上所述，CPM、RPKM/FPKM和TPM方法在RNA-Seq数据标准化中各有优势，考虑不同因素影响。CPM适合样本内比较，而RPKM...
Counts RPK RPKM/FPKM TPM CPM数据转换原理 他人总结:CPM只考虑了测序深度,RPM只考虑了基因长度,RPKM和FPKM同时考虑了基因长度和深度,TPM不仅考虑了基因长度和深度,还考虑了基因表达量总和一致,其中CPM和TPM由于总表达量相等,可以用来做差异分析。 相关R代码 ...
转录组实战03: Count转TPM、FRKM、CPM 把常用的函数写成了几个包,方便之后使用, bioquest包括三个子包tl、pl、st分别是常用的工具包括dataframe的处理、画图、字符串处理。 genekit包括提取tcga数据、基因名转换、格式转换、差异分析等的函数。 sckit包括单细胞分析的一些函数...