COORD_FILE_FORMAT XYZ COORD_FILE_NAME ini_opted.xyz &END TOPOLOGY 2.MOTION 最重要的部分是MOTION,在这里输入过渡态的一些设定。 &MOTION &BAND NUMBER_OF_REPLICA 5 !插点数,CI-NEB其实不需要太多的中间点,这个模型中1-3个足矣,当时傻用了5个 NPROC_REP 4 !每个插点用的CPU核心数,所以这个程序一次用...
CELL_FILE_FORMAT CIF CELL_FILE_NAME Si.cif &END CELL &TOPOLOGY COORD_FILE_FORMAT CIF COORD_FILE_NAME Si.cif &END TOPOLOGY &END SUBSYS 如果是cp2k-6.1及以前,这个部分可以用其他格式的文件(如xyz)或者将CELL和TOPOLOGY部分替换如下,(直接用文本编辑器打开cif文件就可以看到晶胞大小和每个原子的位置): &...
METHOD QMMM &DFT CHARGE 0 MULTIPLICITY 1 BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT POTENTIAL_FILE_NAME ...
CELL_FILE_FORMAT CIF CELL_FILE_NAME YOUR_FILE_NAME &END CELL &TOPOLOGY COORD_FILE_FORMAT ...
CELL_FILE_NAME input.cif &END CELL &TOPOLOGY COORD_FILE_FORMAT CIF COORD_FILE_NAME input.cif &END TOPOLOGY 以下方法比较原始: 解决结构输入的一个粗糙方案 &CELL &END CELL &COORD &END COORD 1. 获取结构 https://materialsproject.org/materials/mp-149/ ...
FFTW_PLAN_TYPE ESTIMATE &END GLOBAL # &EXT_RESTART # RESTART_FILE_NAME 40H2O-1.restart # &...
COORD_FILE_NAME init.xyz COORD_FILE_FORMAT XYZ CONN_FILE_FORMAT GENERATE &END TOPOLOGY &CELL ABC [angstrom] //CELL// &END CELL &KIND H BASIS_SET TZV2P-GTH BASIS_SET AUX_FIT cpFIT3 POTENTIAL GTH-PBE-q1 &END KIND &KIND O BASIS_SET TZV2P-GTH BASIS_SET AUX_FIT cpFIT3 POTENTIAL GTH...
COORD_FILE_FORMAT PDB COORD_FILE_NAMECBD_PHY.pdb COORD_FILE_NAMEcbd_phy.pdb &CENTER_COORDINATES CENTER_POINT 9.5 11.7 15.3 &END CENTER_COORDINATES Expand DownExpand Up@@ -149,18 +149,6 @@ &END FORCE_EVAL #&MOTION # &GEO_OPT
COORD_FILE_NAME NaCl27.pdb COORDINATE PDB CONN_FILE_FORMAT OFF MULTIPLE_UNIT_CELL 1 1 1 &END TOPOLOGY &PRINT &CELL &END CELL &TOPOLOGY_INFO XYZ_INFO .TRUE. &END TOPOLOGY_INFO &END PRINT &END SUBSYS &PROPERTIES &RESP &END RESP
COORD_FILE_NAME xxxx.xyz &END TOPOLOGY &CELL ABC a b c ALPHA_BETA_GAMMA 90.0 90.0 120.0 PERIODIC XYZ &END CELL &KIND H BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH POTENTIAL GTH-PBE-q1 &END KIND &KIND C BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH POTENTIAL GTH-PBE-q4 ...