读者也可以将“--with-plumed=system“改成“--with-plumed=install”,这样toolchain会自动安装PLUMED(你就不需要事先安装了), 但toolchain安装的PLUMED (V2.6.2)不是最新版本,不能满足笔者的计算需求,所以笔者采用了事先安装好的PLUMED(V2.7.1)(后续笔者会跟大家分享PLUMED的安装及使用)。
运行指令./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=...
在Ubuntu下编译cp2k 2023时候，在编译依赖库LIBINT和PLUMED出问题出问题。对比了一下别人的过程，可能是...
./install_cp2k_toolchain.sh --with-openmpi=system --with-plumed=system 修改Compile: make -j 16 ARCH=local VERSION="ssmp psmp" 这样就 OK 了,实现 CP2K 和 PLUMED 联动,也可以用 psmp: MPI+OpenMP混合并行,可以单机并行也可以跨节点并行。 另外,我之前没有安装 openMPI (因为我是在自己的主机上调试...
一步完成所有插件编译,没有任何报错。 plumed=installMPIisdetectedanditappearstobeOpenMPICompilingwith56processes.===FindingGCCfromsystempaths===pathtogccis/usr/bin/gccpathtog++is/usr/bin/g++pathtogfortranis/usr/bin/gfortranFoundincludedirectory/usr/includeStepgcctook0.00seconds.===Gettingprocarchinfousing...
$ ./install_cp2k_toolchain.sh --with-intel --with-intelmpi --with-plumed# 在脚本执行时,同级目录下会生成build目录,自动编译过程中若缺少所需的库,按照报错的提示去网上将安装包下载并且放于build目录中,再执行编译# 编译到cmake的bug,需要将下载的cmake-3.22.1-Linux-x86_64.sh更改名称,将报错提示的...
一步完成所有插件编译,没有任何报错。 plumed=installMPIis detected and it appears to be OpenMPI Compilingwith56processes.===FindingGCCfromsystem paths===path to gcc is/usr/bin/gcc path to g++is/usr/bin/g++path to gfortran is/usr/bin/gfortran Found include directory/usr/include Step gcc ...
6. run metadynamics.(srun gmx_mpi mdrun -deffnm Qmmm-metad -plumed plumed.dat) md.mdp ; md-qmmm-nvt.mdp integrator = md ; MD using leap-frog integrator dt = 0.001 ; 1fs time-step nsteps = 1000 ; 1 ps simulation ; Set output frequency to each step ...
必装:libxsmm / ELPA / LIBINT / LIBXC 选装:PLUMED / PEXSI 不装:libsmm / CUDA / QUIP / SPGLIB / SIRIUS /FPGA / COSMA 最后,下载这些加强包的源代码,相应版本建议通过toolchain的安装脚本获取,不建议追求最新版本,避免踩坑。 下载地址:https://www.cp2k.org/static/downloads/...
●(2020年-2021年)PLUMED和CP2K连用计算AIMD ●(2020年-2021年)SCCS隐式溶剂化方法计算 ●(2020年-2021年)CP2K能带结构计算 ●(2020年-2021年)CP2K计算模拟STM图 ●(2020年-2021年)第二代CPMD计算方法 ●(2020年-2021年)CP2K的QMMM计算方法 ●(2020年-2021年)LS_SCF超大体系解决之道 ...