pipinstallcp2k-tools ***一定要在Phonopy的conda环境中装。 Phonopy会创建出一系列名为Si-supercell-xxx.inp的输入文件,挨个执行cp2k计算就可以了。计算完成后会产生一系列名为Si-supercell-XXX-forces-1_0.xyz的文件,本例只会有一个Si-supercell-001-forces-1_0.xyz 3.创建FORCE_SET phonopy --cp2k -f ...
phonopy --cp2k -c Si.inp -d --dim="2 2 2" 计算后将产生以下文件: disp.yaml phonopy_disp.yaml Si.inp supercell-001.inp supercell.inp supercell.inp是一个新生成的supercell文件,但没有位移,而supercell-001.inp包含一个硅原子的位移。phonopy_disp.yaml包含Phonopy配置。supercell-001.inp会在接下来...
有对称性的小晶胞的振动分析结合Phonopy程序可以利用对称性巨幅节约要做的有限差分的次数,再加上CP2K算其中要涉及的超胞的受力计算本来就很快,所以振动分析也花不了什么时间。而对于没对称性的原子较多的大晶胞,多数情况也可以通过恰当的冻结巨幅节约要做的有限差分的次数(如计算表面吸附,基底的不与被吸附分子接触的...
因此使用VASP+Phonopy时会在下会生成若干个POSCAR-001、POSCAR-002……文件,而CP2K+Phonopy则是生成若干个*-supercell-001.inp、*-supercell-002.inp……文件。 第一步得到一个充分优化的结构,这一步不作赘述,方法很多,可以参考天玑算视频教程。此处给出一个官方教程的输入文件例子供大家练习。 Si.inp &GLOBAL P...
在执行CP2K对晶体进行第一性原理计算时，Phonopy是一个基于有限位移法计算声子的有效工具。在INP文件中，必须包含晶胞和原子位置信息，且不能使用外部结构文件。此外，inp文件中不应包含汉字。2. 使用Phonopy生成2x2x2超胞的位移 计算完成后，将生成以下文件：supercell.inp（新生成的超胞文件，不含位移）...
对于部分密度_of_states（pdos）的计算，需准备pdos.conf文件，通过运行"phonopy --cp2k -c Si.inp -p pdos.conf"命令。所有这些步骤都依赖于CP2K和Phonopy库，具体参考以下资源：1. CP2K Open Source Molecular Dynamics 2. Phonopy v.2.20.0 通过这些步骤，你可以成功绘制声子谱和声子态密度...
各位老师好，求教大家一个问题。我在使用cp2k+phonopy计算声子谱的时候，画出的声子谱在gamma点处有一...
我正在使用CP2K优化二维NbOI2，其空间群是P2，优化后想用cp2k结合phonopy来算声子谱，我提取优化后的...
本培训里还涉及到并演示许多辅助程序,用于建模、可视化、分析处理等目的,如VMD、GaussView、VESTA、Shermo、phonopy、各种shell和Python脚本等。其中特别关键的是北京科音卢天开发的非常知名的电子波函数分析程序Multiwfn(http://sobereva.com/multiwfn)。结合CP2K产生的波函数信息Multiwfn不仅可以做丰富的电子结构分析,Multiwf...
http://phonopy.github.io/phonopy/cp2k.htmlhttps://zhuanlan.zhihu.com/p/3999919796.把优化出来的结构导出成cif格式进行后续计算 进行geometry optimization后,要把他的优化结构导出来进行静态或动力学计算任务完成后,会得到整个优化过程的动态结构文件cp2k-pos-1.xyz,用MS打开后,把最后一帧导出到当前项目中,...