因此作者使用Python Plotly Dash包开发了一个ID转换网络服务器GeneToList (https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。 GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(EntrezIDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。
因此作者使用Python Plotly Dash包开发了一个ID转换网络服务器GeneToList (https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。 GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(EntrezIDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。
因此作者使用Python Plotly Dash包开发了一个ID转换网络服务器GeneToList (https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。 GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(EntrezIDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。
输入三个变量分别对应:查询gene id或symbol、查询输入类型和输出结果目录。 1. 根据NCBI gene ENTREZID查询基因注释 # 可通过"1,10,100,1000"输入,一次查询多个基因,逗号分割即可Rscript geneQuery.R"1,10,100,1000""ENTREZID""/gene_annoation" 2. 根据gene symbol查询基因注释 # 多个gene symbol使用逗号分割...
like ID (a unique machine-understandable identifier, which could be accession, etc.), Parent (any other ID), and Name (like gene name). This would also allow for fast indexing or sorting by ID, Parent, or Name, which would also make it easier toextract or process genes or featuresfor...
) in the toolbox/bioinfo/biodemos directory that may help you to get you started.
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like ID (a unique machine-understandable identifier, which could be accession, etc.), Parent (any other ID), and Name (like gene name). This would also allow for fast indexing or sorting by ID, Parent, or Name, which would also make it easier toextract or process genes or featuresfor...
(https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。 GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(EntrezIDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。 1,基因别名 ...