因此作者使用Python Plotly Dash包开发了一个ID转换网络服务器GeneToList (https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。 GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(EntrezIDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。
因此作者使用Python Plotly Dash包开发了一个ID转换网络服务器GeneToList (https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。 GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(EntrezIDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。
因此作者使用Python Plotly Dash包开发了一个ID转换网络服务器GeneToList (https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。 GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(EntrezIDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。
ID conversions: convert_custom()- Convert custom database identifiers. convert_icgc()- Convert ICGC identifiers. convert_pcawg()- Convert PCAWG identifiers. convert_tcga()- Convert TCGA identifiers. convert_hm_genes()- Convert human/mouse gene IDs between Ensembl and Hugo Symbol system. ...
rname.match <- match(rownames(mVip.mat), convert.dict$Entrez.Gene.ID) ensg.names <- convert.dict$Ensembl.Gene.ID[rname.match] na.inds <- which(ensg.names == '') mVip.mat <- mVip.mat[ -na.inds ,]; ensg.names <- ensg.names[ -na.inds ] ...
entrez_id <chr>, #> # ensembl_gene_id <chr>, vega_id <chr>, ucsc_id <chr>, ena <list>, #> # refseq_accession <list>, ccds_id <list>, uniprot_ids <list>, #> # pubmed_id <list>, mgd_id <list>, rgd_id <list>, lsdb <list>, #> # cosmic <chr>, omim_id <list>...
provided by HGNC and an associated ID 1101, Ensembl[7] gene ID ENSG00000139618, OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)[8] ID 600185, HPR (Human Protein Reference) database[9,10] ID 02554, RefSeq ID NM_000059, GenBank Accession U43746, Entrez Gene ID 675, VEGA (the Vertebrate ...
(https://www.genetolist.com/)。可以批量转换,并且能够处理别名,废弃名字等情况。 GeneToList从NCBI中收集了超过3.4万个物种的基因信息,支持的数据库包括:NCBI Gene symbol,NCBI gene IDs(EntrezIDs),OMIM IDs,HGNC IDs,Ensembl IDs等。 1,基因别名 ...