Anaconda是一个包含常用科学计算工具的Python发行版,其中包括Conda。您可以从Anaconda官网下载并安装适合您操作系统的版本。使用Conda安装R包一旦安装了Anaconda或Miniconda,您就可以使用Conda来安装R包了。打开终端或命令提示符,并执行以下命令: conda install -c bioconda bioconductor-package-name 将bioconductor-package-na...
bioconductor-deseq2 1.10.1 r3.2.2_0 bioconda #安装deseq2包 $ conda install -y bioconductor-deseq2 注意事项 1、bioconda最好升级到最新版本 conda update -n base -c defaults conda 2、R的名字为r-base 3、R包的名字在bioconda中以r-为前缀 4、一些Bioconductor包的名字为bioconductor-前缀 5、如果b...
步骤1:安装Miniconda从Anaconda官方网站下载Miniconda安装包。在终端中使用以下命令下载适用于Linux的Miniconda3安装包(以版本号3.10.2为例):wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh步骤2:安装Miniconda在终端中运行以下命令来安装Miniconda:bash Miniconda3-py310_23.1.0...
因为CellMix 的依赖包“BiocInstaller”在当前的 R 4.0.2 无效。这时,需要手工安装它,命令如下: install.packages(pkgs = "http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.30.0.tar.gz", type = "source") 上面的依赖包“BiocInstaller”如果不能通过网络安装,就想法下载到本地安装,如下:...
conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-ggplot2 删除已安装的软件或者包: conda remove -n 环境名 软件名 更新某个软件: conda update 软件名 https://www.cnblogs.com/zhangxingcomeon/p/13801554.html...
Docker的一个鲜明的特点是提供一个即时可用的镜像(使用上类似于虚拟系统,但是实际上与虚拟机玩去不一样),开发者把生物信息的各种软件、R包等部署到镜像中,使用者可以直接下载该镜像进行使用,省去了个人安装软件,配置环境的种种烦恼。 比如我感兴趣的是RNAseq分析,正好Nature Commnication 上发了一篇关于RNAseq数据...
可以理解为R包的官网,凡是需要通过CRAN下载的R包,都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2). Bioconductor 里面多是跟生信相关的R包,通过BiocManager::install("pkg_name")来安装。 Github 部分作者在写好R包以后还没来得及上传到CRAN上,便可通过其Github进行安装,通过devtools::install_github("用户名...
最后试了一下conda命令安装R包,和安装其他软件命令相同。但是安装之后位置很特殊: conda install bioconductor-hdf5array=1.14.0#因为我事先搜索了,知道对应我的R版本(3.6)的hdf5array最高版本是1.14.0安装位置在~/miniconda3/pkgs:bioconductor-biocgenerics-0.32.0-r36_0 ...
5 #安装R,可以选择R版本,-c表示选择channel。 conda install -c r r=3.5.1 #在下面网站搜索需要R包 http://bioconda.github.io/index.html #安装R包 conda install bioconductor-deseq2 #查看已经安装包 conda list #R内查看已经安装的包,得到包名DESeq2,大小写可能与安装时不一样 installed.packages() ...
我们在这个环境里面安装了 bioconductor的 singlecelltk和singlecellsignalr,因为它们本身就会依赖大量的其它R语言包,所以理论上这个时候你的这个 conda activate r 小环境,已经是比较好的可以用来做单细胞转录组数据分析的啦! 两个工具的主页分别是: https://bioconductor.org/packages/3.14/bioc/vignettes/SingleCell...