File "/home/yangjy/miniconda3/envs/chipseq/lib/python2.7/site-packages/deeptools/bamHandler.py", line 3, in<module>import pysam File "/home/yangjy/miniconda3/envs/chipseq/lib/python2.7/site-packages/pysam/__init__.py", line 5, in<module>from pysam.libchtslib import * ImportError: lib...
相应地，user0也很有可能不能查看test1文件（之所以说的是可能，是因为user0和user1可能属于同一个用户...
尝试降级pysam包, $ conda install pysam==0.8.4 最终在低版本python=2.7.16的环境中,pysam包降级至0.8.4,安装deeptools=2.5.7成功
samclip parallel-fastq-dump \ pandas numpy scipy biopython pysam matplotlib pandarallel \ snakemake weblogo hicexplorer # 按需求安装gatk4,本地没必要安装 mamba install gatk4 下载安装速度极快 接下来可以去配置Jupiter-lab的日常搬砖环境,可以参考我的知乎文章 我的博客 关注下面的知乎专栏和我一起学生信吧!
"4. 其他conda发行版: 在其他的领域也存在类似于conda的管理器比如mpirun manager 和 Zenodo 的pysam tools 使用的是Bash scripts, virtualenv和pip这样的命令行方式去管理环境和依赖关系,尽管没有单独的名字但是也在许多场景中替代了conda作为包的打包者和环境的初始化者 14楼2023-12-29 15:26 回复 Meaqua ...
安装完毕后就可以在该环境下进行运算 也可以安装官网velocity版本 conda create -n velocyty python=3.8 conda activate velocyty pip install pip install numpy scipy cython numba matplotlib scikit-learn h5py click pysam pip install velocyto 至此,当我们需要进行RNA velocity运算的时候,就激活该环境进行运算。
这给Python学习者带来了福音，因为在Windows操作系统上安装Python环境还需要配置各种环境变量。
从你的问题中，我可以看出你正在使用python 3.9 从 * 官方页面的新闻情绪 *：https://pypi.org/...
当使用conda安装包时,搭建轮子会默认使用home目录下的存储,但是有时候一次性安装的包比较多,home目录又小得可怜就会遇到如下报错: Building wheels forcollected packages: icvi.ete3,pybedtools , docopt, pysamWARNING: BuildingWARNING:BuildingBuildingWARNING:WARNING:Buildingwheel for docopt failed: [Errno 122] ...
r-base=3.6.2r-data.table=1.12.8r-dplyr=0.8.5r-getopt=1.20.3r-ggplot2=3.3.0r-gplots=3.0.3r-gsalib=2.1r-optparse=1.6.4r-backports=1.1.10biopython=1.76pyvcf=0.6.8pysam=0.15.3 ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 2人点赞...