conda install fastp 执行命令进行安装: 在命令行中输入上述命令并执行。Conda将开始下载并安装fastp及其依赖项。 验证fastp是否安装成功: 安装完成后,你可以通过运行fastp命令来验证它是否成功安装: bash fastp --version 如果fastp已正确安装,你将看到其版本号输出到终端。 这些步骤应该能帮助你在Conda环境中成功安...
conda install fastp(=版本=编译版本) conda安装软件分为两步: Collecting package metadata:这相当于在channels中搜寻安装软件的说明文件(metadata) Solving environment:因为conda已经安装了一些包,我们要查看安装的包与已经安装包是否有冲突. 可以通过which package找到安装路径 (2) 搜索是否存在包 conda...
以安装fastq 质控软件fastp为例,可以在https://anaconda.org/上搜寻软件和对应的版本,按照提示安装即可,也可以在conda环境下先搜索软件,然后选择需要的版本(默认最新版本)安装: conda search fastp #搜寻软件 conda install bioconda::fastp #安装fastp,"yes"后完成安装, which fastp #~/miniconda3/bin/fastp 可以...
10.5,再次用命令"cat .bashrc"查看环境变量 11,完事了,我们就可以用conda安装软件了,先试试fastp软件,命令: conda install fastp 11.1,然后看看fastp能不能用,命令,有东西出来就行: fastp -h 11.2,我们使用conda安装软件的时候,可以在这个网站查看conda安装的命令 https://anaconda.org/ 11.3,如查看fastqc这个软件...
conda install fastp 11.1,然后看看fastp能不能用,命令,有东西出来就行: fastp -h 11.2,我们使用conda安装软件的时候,可以在这个网站查看conda安装的命令 https://anaconda.org/ 11.3,如查看fastqc这个软件的安装命令 11.4,进去,找到fastqc,再点进去,可以看见安装命令。大部分的软件都可以用conda下载的。
conda install fastp 11.1,然后看看fastp能不能用,命令,有东西出来就行: fastp -h 11.2,我们使用conda安装软件的时候,可以在这个网站查看conda安装的命令 https://anaconda.org/ 11.3,如查看fastqc这个软件的安装命令 11.4,进去,找到fastqc,再点进去,可以看见安装命令。大部分的软件都可以用conda下载的。
安装fastp conda install fastp 一直yes回车即可,查看安装位置 which fastp 安装blast conda search blast #搜索blast在conda的名称和版本 conda install blast #安装最新的balst conda install blast=版本号 #安装指定版本 which blastp #查找blastp软件,而不是软件包blast ...
conda install fastp 11.1,然后看看fastp能不能用,命令,有东西出来就行: fastp -h 11.2,我们使用conda安装软件的时候,可以在这个网站查看conda安装的命令 https://anaconda.org/ 11.3,如查看fastqc这个软件的安装命令 11.4,进去,找到fastqc,再点进去,可以看见安装命令。大部分的软件都可以用conda下载的。
conda install fastp 11.1,然后看看fastp能不能用,命令,有东西出来就行: fastp -h 11.2,我们使用conda安装软件的时候,可以在这个网站查看conda安装的命令 https://anaconda.org/ 11.3,如查看fastqc这个软件的安装命令 11.4,进去,找到fastqc,再点进去,可以看见安装命令。大部分的软件都可以用conda下载的。
安装成功后输入fastp -h测试一下,出现相应help信息则成功 3.安装bwa和gatk (base):~$ conda install -c bioconda bwa (base):~$ conda install -c bioconda gatk4 输入bwa,gatk4验证是否成功 第二部分 安装过程中遇到的问题及解决办法 1. 环境变量配置的时候,source ~/.bashrc之后命令行就用不了?