conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 但是在Windows操作系统使用conda,大家安装了Anaconda这个exe格式的界面软件,根本就找不到它,而且也...
conda install -c hcc aspera-cli=3.7.7 4. 安装好了以后,在这个环境下测试 prefetch -t ascp -a "/home/usr/anaconda3/envs/sradownload/bin/ascp|/home/usr/anaconda3/envs/sradownload/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" SRR11111111 5. 完成!其实看别人的教程也有人直接用ascp就能下载的,不用搭配prefet...
conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli whichascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 但是在Windows操作系统使用conda,大家安装了Anaconda这个exe格式的界面软件,根本就找不到它,而且也没...
conda install-y-c hcc aspera-cli which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls-lh~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 但是在Windows操作系统使用conda,大家安装了Anaconda这个exe格式的界面软件,根本就找不到它,而且也没办法进入可以交互输入命令的终端界面。 所以这里,我们推荐...
conda install -y fastqc # 调出帮助文档 fastqc --help # 可以指定软件版本 conda install -y sra-tools ##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc...
conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp ##作为新手,建议一个个软件安装,有时候软件之间会出现冲突,conda不能解决软件之间的冲突问题。
但是我们常规的的教程都是基于Linux的conda的教程,比如各个用户里面安装自己的conda,每个用户独立操作,安装方法代码如下: # 首先下载文件,20M/S的话需要几秒钟即可 wget https...Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 安装成功后需要更新系统环境变量文件 source ~/.bashrc 接下来 使用conda安装aspera, 可以高速下载...
conda install -y -c hcc aspera-cli whichascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 基本上每个软件都需要一个子环境,尤其是我们对该软件不熟悉而且怕它跟其它软件干扰的时候。比如使用conda安装pyscenic的一些依赖: ...
conda install-y aspera-cli-c hcc##-c hcc,-c是指定它在hcc频道,就是指定安装的频道##调用帮助文档,不是软件的名字,如下ascp--help#有时候一个软件是一个工具集,它下面有很多工具,每个工具都有不同的名字,就调某个具体工具的名字,而不是调用软件的名字。#samtools,fastqc刚好有一个软件名和它的命令是一...
.aspera/connect/bin/ascp -i .aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --overwrite=diff -QTr...