生信技能树RNA-seq基础传送门需要的软件,具体移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html python3环境(base) conda install fastqc trimmomatic(conda可以同时指定两个软件安装) biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜索htseq-count软件 注意要在python2环境下安装htseq,先启动python2...
那就在运行一次安装呗,没关系,比如conda install -y htseq,结果如下,会出现“# All requested packages already installed.”。说明你已经安装过了,而且版本识最新版本了,conda就不会给你装了。 也有一种情况,如果软件被更新了,conda会继续给你装一个最新版本,如果你介意两个版本的软件分析的结果,请不要更新~,...
那就在运行一次安装呗,没关系,比如conda install -y htseq,结果如下,会出现“# All requested packages already installed.”。说明你已经安装过了,而且版本识最新版本了,conda就不会给你装了。 也有一种情况,如果软件被更新了,conda会继续给你装一个最新版本,如果你介意两个版本的软件分析的结果,请不要更新~,...
-fastqc trimmomatics 生信技能树RNA-seq基础传送门需要的软件,具体移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html 代码语言:javascript 复制 python3环境(base) conda install fastqc trimmomatic(conda可以同时指定两个软件安装) biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜索htseq-count软件 ...
如:安装RNA-Seq软件: 质控:fastqc及multiqc trimmomaticcutadapttrim-galore 比对:starhisat2tophatbowtie2bwasubread 计数:htseqbedtoolsdeeptoolssalmon normalization归一化,差异分析等 DEseq2,edgeR,limma(voom) conda create -n rnaseq python=2 bwa ...
安装列表 bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools 安装方法 参考上面conda安装，这里直接push代码，就当回顾一下~安装每一个软件和调取帮助文档 安装成功出现三个done + 成功调取这个软件的帮助文档=软件安装成功 问题是我怎么知道出来的帮助文档是对的，而不...
第六步,开始安装软件 # 学习链接:https://www.jianshu.com/p/369f6caae865 conda install -y bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools # 网速慢的话,可以不安装bwa,gatk4 # bwa,gatk4使用无exon外显子分析的,不用于RNA-seq # 时间测试,大约23.28...
刷了机，安装好conda环境后conda又疯了。conda install -y samtools hisat2 bowtie2 bwa htseq bowtie 报错开始 先查询当前conda版本：conda -V 更新conda到最新版本：conda update -n base conda 再查一下conda版本：conda -V 然后更新一下所有：conda update --all 还是一样的报错 但 conda ...
htseq multiqc samtools 安装⽅法 参考上⾯conda安装，这⾥直接push代码，就当回顾⼀下~# 配置过镜像后，家⽬录下有⼀个.condarc⽂件，内容如下 $ cat ~/.condarc channels:- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud...
htseq multiqc samtools 安装方法 参考上面conda安装,这里直接push代码,就当回顾一下~ # 配置过镜像后,家目录下有一个.condarc文件,内容如下 $ cat ~/.condarc channels: - https://mirrors.tuna./anaconda/cloud/bioconda - https://mirrors.tuna./anaconda/cloud/conda-forge ...