生信技能树RNA-seq基础传送门需要的软件,具体移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html python3环境(base) conda install fastqc trimmomatic(conda可以同时指定两个软件安装) biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜索htseq-count软件 注意要在python2环境下安装htseq,先启动python2...
那就在运行一次安装呗,没关系,比如conda install -y htseq,结果如下,会出现“# All requested packages already installed.”。说明你已经安装过了,而且版本识最新版本了,conda就不会给你装了。 也有一种情况,如果软件被更新了,conda会继续给你装一个最新版本,如果你介意两个版本的软件分析的结果,请不要更新~,...
那就在运行一次安装呗,没关系,比如conda install -y htseq,结果如下,会出现“# All requested packages already installed.”。说明你已经安装过了,而且版本识最新版本了,conda就不会给你装了。 也有一种情况,如果软件被更新了,conda会继续给你装一个最新版本,如果你介意两个版本的软件分析的结果,请不要更新~,...
生信技能树RNA-seq基础传送门需要的软件,具体移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html 代码语言:javascript 复制 python3环境(base) conda install fastqc trimmomatic(conda可以同时指定两个软件安装) biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜索htseq-count软件 注意要在python2环境下...
安装列表 bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools 安装方法 参考上面conda安装，这里直接push代码，就当回顾一下~安装每一个软件和调取帮助文档 安装成功出现三个done + 成功调取这个软件的帮助文档=软件安装成功 问题是我怎么知道出来的帮助文档是对的，而不...
htseq-count --help$ conda install -y multiqc multiqc --help$ conda install -y samtools samtools which samtools# /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/samtools 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 写在最后的小技巧 ...
安装列表 bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools 安装⽅法 参考上⾯conda安装，这⾥直接push代码，就当回顾⼀下~# 配置过镜像后，家⽬录下有⼀个.condarc⽂件，内容如下 $ cat ~/.condarc channels:- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu....
下一步安装软件可以先去bioconda官方网站https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes查看相应版本等 可以进行搜索,比如samtools,可以看到其很多版本,目前最高1.9(7/24/2018 4:23:35 PM ) 返回command line conda install samtools=1.9 -y 再安装一次1.8,看conda如何处理不同的版本。
$ conda install -y htseq htseq-count --help $ conda install -y multiqc multiqc --help $ conda install -y samtools samtools which samtools # /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/samtools 写在最后的小技巧 1 如果我不知道我是不是安装过该软件,怎么办?
-搜索bwa进行安装(注意是在conda环境下(base)) conda search bwa 结果可以发现有很多bwa version可以安装,我们用以下命令安装(y代表yes) conda install bwa -y 下一步安装软件可以先去bioconda官方网站https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes查看相应版本等 ...