那就在运行一次安装呗,没关系,比如conda install -y htseq,结果如下,会出现“# All requested packages already installed.”。说明你已经安装过了,而且版本识最新版本了,conda就不会给你装了。 也有一种情况,如果软件被更新了,conda会继续给你装一个最新版本,如果你介意两个版本的软件分析的结果,请不要更新~,...
那就在运行一次安装呗,没关系,比如conda install -y htseq,结果如下,会出现“# All requested packages already installed.”。说明你已经安装过了,而且版本识最新版本了,conda就不会给你装了。 也有一种情况,如果软件被更新了,conda会继续给你装一个最新版本,如果你介意两个版本的软件分析的结果,请不要更新~,...
-hisat2 samtools sratoolkit -htseq-count -fastqc trimmomatics 生信技能树RNA-seq基础传送门需要的软件,具体移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html python3环境(base) conda install fastqc trimmomatic(conda可以同时指定两个软件安装) biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜...
生信技能树RNA-seq基础传送门需要的软件,具体移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html python3环境(base) conda install fastqc trimmomatic(conda可以同时指定两个软件安装) biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜索htseq-count软件 注意要在python2环境下安装htseq,先启动python2...
安装列表 bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools 安装方法 参考上面conda安装，这里直接push代码，就当回顾一下~安装每一个软件和调取帮助文档 安装成功出现三个done + 成功调取这个软件的帮助文档=软件安装成功 问题是我怎么知道出来的帮助文档是对的，而不...
htseq-count --help$ conda install -y multiqc multiqc --help$ conda install -y samtools samtools which samtools# /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/samtools 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 写在最后的小技巧 ...
-htseq-count -fastqc trimmomatics 生信技能树RNA-seq基础传送门需要的软件,具体移步http://www.biotrainee.com/thread-1750-1-1.html 代码语言:javascript 复制 python3环境(base) conda install fastqc trimmomatic(conda可以同时指定两个软件安装) biocondahttps://bioconda.github.io/recipes.html#recipes搜索ht...
安装conda-pack这个包 pip install conda-pack 打包环境 condapack-n my_env my_env是你想要打包的环境名 执行该指令,会在你当前的路径生成一个my_env.tar.gz的压缩文件 把该压缩文件传输到你的另一台机子 这里可以使用scp命令传输,或者其他软件传输
htseq-count --help $ conda install -y multiqc multiqc --help $ conda install -y samtools samtools which samtools # /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/samtools 写在最后的小技巧 1 如果我不知道我是不是安装过该软件,怎么办? 树曰:
$ conda install -y htseq htseq-count --help $ conda install -y multiqc multiqc --help $ conda install -y samtools samtools which samtools # /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/samtools 写在最后的小技巧 1 如果我不知道我是不是安装过该软件,怎么办?