fastq-dump --help which prefetch # trim-galore trim_galore --help # hisat2 hisat2 -h # subread featureCounts # multiqc multiqc --help # samtools samtools which samtools # salmon salmon # fastp fastp --help 8.conda其他用法 更新软件:conda update 软件名...
## 不是通过软件名来调用帮助文档,而是软件的命令 # sra-tools prefetch --help fastq-dump --help which prefetch # trim-galore trim_galore --help # hisat2 hisat2 -h # subread featureCounts # multiqc multiqc --help # samtools samtools which samtools # salmon ...
$ fastq-dump --help $ which prefetch # 运行结果示例如下 # /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/prefetch # 可以看到这个命令确实你刚装的,而且存在于rna的小环境内bin的目录下 # 也可以不运行which这个命令~,但是当你软件报错的时候,你就要知道这个命令到底是装在哪里的~,就可以which一下! # 后面格式...
fastq-dump--help which prefetch # trim-galore trim_galore--help # hisat2 hisat2-h # subread featureCounts # multiqc multiqc--help # samtools samtools which samtools # salmon salmon # fastp fastp--help 命令总结 代码语言:javascript 复制 conda--version # 查看conda 版本 conda create-n xxx pyt...
nohup $dump -A $sample -O $analysis_dir --gzip --split-3 sra/$srr.sra & done 注意:上述命令执行是在conda 的ChIP-seq环境下,运行前记得激活环境,且要先对dump进行赋值: dump=fastq-dump或者dump=~/biosoft/sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64/bin/fastq-dump ...
fastq-dump--help which prefetch# trim-galoretrim_galore--help# hisat2hisat2-h# subreadfeatureCounts# multiqcmultiqc--help# samtoolssamtools which samtools# salmonsalmon# fastpfastp--help 8.conda其他用法 更新软件:conda update 软件名 卸载软件:conda remove 软件名 ...
fastq-dump --help which prefetch # trim-galore trim_galore --help # hisat2 hisat2 --help # subread featureCounts --help # multiqc multiqc --help # samtools samtools --help # salmon salmon --help # fastp fastp –help 问题1:如何指定安装的软件的版本?
conda第一步，你确定安装成功了吗？conda第⼀步，你确定安装成功了吗？安装软件结束后，会出现三个done 但是也只能说明软件安装正常结束，但是不能说明软件能正常使⽤。尤其有些需要调py的⼀些包的时候，会出错，或者python版本不兼容，在使⽤软件 的时候，软件即会出现异常报错。因此，这篇博⽂是为了你...
# 调取该软件的命令的帮助文档,下面两句是重点$ prefetch --help$ fastq-dump --help$ which prefetch # 运行结果示例如下# /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/prefetch# 可以看到这个命令确实你刚装的,而且存在于rna的小环境内bin的目录下# 也可以不运行which这个命令~,但是当你软件报错的时候,你就要知道...
samclip parallel-fastq-dump \ pandas numpy scipy biopython pysam matplotlib pandarallel \ snakemake weblogo hicexplorer # 按需求安装gatk4,本地没必要安装 mamba install gatk4 下载安装速度极快 接下来可以去配置Jupiter-lab的日常搬砖环境,可以参考我的知乎文章 ...