prefetch -t ascp -a "/home/usr/anaconda3/envs/sradownload/bin/ascp|/home/usr/anaconda3/envs/sradownload/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" SRR11111111 5. 完成!其实看别人的教程也有人直接用ascp就能下载的,不用搭配prefetch,我也试了一下NCBI官方文档(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625...
接下来 使用conda安装aspera, 可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ,代码如下: conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 但是在Windows操...
网页上会显示Miniconda2...和Miniconda3等新旧以及不同系统(Windows、Mca,Linux)对应的版本。服务器用的Linux系统安装,下载Linux版本对应的miniconda,和自己的电脑系统没有关系。找到最新版本的 Miniconda3-latest-Linux-X86_64.sh,点击鼠标右键-复制链接地址。 复制链接地址到服务器,用服务器下载Miniconda。 ##wget 加...
接下来 使用conda安装aspera, 可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ,代码如下: 代码语言:javascript 复制 conda create-n download conda activate download conda install-y-c hcc aspera-cli which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls-lh~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openss...
如果失败, 重新下载即可。通过调用软件的帮助文档来检查软件是否可以使用。 并不是每个软件都是用”软件名--help“来调用的。samtools 是生信分析中最强大的一个软件,后面的分析可能就会用到几个常用的参数 7.特殊情况 不在channel里的软件,如何确定频道,后面讲怎么搜索频道 conda install -y aspera-cli -c hcc...
访问Miniconda 的官方下载页面(https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html),选择适合您 Linux 系统的版本(如 64 位的 Linux)。 在终端中使用以下命令下载安装脚本(以下以 Python 3.9 版本为例): wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh ...
接下来 使用conda安装aspera,新建download子环境,然后在该环境下面安装指定软件 ,就可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ,代码如下: conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli whichascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ...
知乎,中文互联网高质量的问答社区和创作者聚集的原创内容平台,于 2011 年 1 月正式上线,以「让人们更好的分享知识、经验和见解,找到自己的解答」为品牌使命。知乎凭借认真、专业、友善的社区氛围、独特的产品机制以及结构化和易获得的优质内容,聚集了中文互联网科技、
接下来 使用conda安装aspera, 可以高速下载 不同 数据集的fastq文件 ,代码如下: conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli whichascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ...
conda install-y aspera-cli-c hcc##-c hcc,-c是指定它在hcc频道,就是指定安装的频道##调用帮助文档,不是软件的名字,如下ascp--help#有时候一个软件是一个工具集,它下面有很多工具,每个工具都有不同的名字,就调某个具体工具的名字,而不是调用软件的名字。#samtools,fastqc刚好有一个软件名和它的命令是一...