以前sratoolkit的prefetch命令下载sra文件速度太慢,所以我们建议大家参考:使用ebi数据库直接下载fastq测序数据, 自行配置好aspera , 代码如下所示: conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp ## 一定要搞清楚你的...
conda activate rna #安装apsera conda install -c hcc aspera-cli 按照上述的步骤,首先我们要先激活conda的环境,然后使用conda命令进行安装,如图所示,在出现了Proceed([y]/n)?,即是否继续安装时候,输入"y"字符,即可继续安装。 在这里需要注意的是安装完成后需打开提供的链接点击“submit”,同意软件条款。 之后,...
(conda 安装好了可以跳过了~) 若是要自己去官网下载软件来安装的话,这是下载命令,链接: https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64.tar.gz 上面命令里的下载链接是当前最新版本3.11的,这篇文章发布后,可能会出现新版本。若需要可去官网下载。
(conda 安装好了可以跳过了~) 若是要自己去官网下载软件来安装的话,这是下载命令,链接: https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64.tar.gz 上面命令里的下载链接是当前最新版本3.11的,这篇文章发布后,可能会出现新版本。若需要可去官网下载...
Linux系统安装aspera当然最好使用conda啦。 `conda install -c hcc aspera-cli` 当然你也可以去aspera官网下安装包安装 有Windows/macOS/Linux版本可供下载 安装好了如何下载需要的文件呢?你需要获得SRR号。 EBI网站中可搜索项目号或者SRR号,如PRJEB1787,获得这个项目所有的SRR号。
首先需要使用conda安装两个软件(kingfisher和aspera),大家现在可能会倾向于选择mamba来替代conda。所以可以安装有mamba的conda,比如自己去搜索后下载(Mambaforge-pypy3-23.11.0-0-Linux-x86_64.sh)这个文件去bash执行即可哈! 执行conda的安装两个软件(kingfisher和aspera),是如下所示的代码: ...
#使用aspera能够帮助我们批量高速下载转录组等数据,现在使用conda进行安装 conda install -c hcc aspera-cli -y #检查是否安装成功,有东西出来就行 ascp -h #另外看看asperaweb_id_dsa.openssh文件是不是在miniconda3/etc文件夹中,务必确认该文件的位置。
我们已经多次介绍过conda细节了,这里就不再赘述。 conda管理生信软件一文就够 生信技能树B站软件安装视频 https://www.bilibili.com/video/av28836717 但是最近aspera下载受阻,我们还得还原到sratoolkit的prefetch命令下载sra文件。 首先针对你感兴趣的公共数据集,制作如下所示的 SRR_Acc_List.txt 文件: ...
Aspera直接从EBI（European Bioinformatics Institute）的ENA（European Nucleotide Archive）数据库下载FASTQ格式文件，大大提升了下载速度。为了使用Aspera，小果推荐通过conda进行安装，步骤简单方便。安装后，通过EBI网站搜索所需的项目或SRR编号，获取Aspera下载链接。如果已有SRR号，可直接通过脚本批量下载FASTQ...
二、Aspera的下载和安装 在这里,小果推荐使用conda安装,因为这是最为简单方便的方法,具体的步骤如下: #激活conda环境conda activate rna#安装apseraconda install -c hcc aspera-cli 按照上述的步骤,首先我们要先激活conda的环境,然后使用conda命令进行安装,如图所示,在出现了Proceed([y]/n)?,即是否继续安装时候,...