@文心快码conda安装fastp 文心快码 要在Conda环境中安装fastp,你可以按照以下步骤操作: 打开命令行界面: 打开你的终端或命令提示符。 输入安装fastp的命令: 使用Conda的conda install命令来安装fastp。由于fastp可能不在Conda的默认仓库中,你需要使用Bioconda频道,这是一个专门提供生物信息学软件的Conda频道。首先,你需要...
(1) 安装fastp conda install fastp(=版本=编译版本) conda安装软件分为两步: Collecting package metadata:这相当于在channels中搜寻安装软件的说明文件(metadata) Solving environment:因为conda已经安装了一些包,我们要查看安装的包与已经安装包是否有冲突. 可以通过which package找到安装路径 (2) 搜索...
(base):~$ conda install -c bioconda fastp 安装成功后输入fastp -h测试一下,出现相应help信息则成功 3.安装bwa和gatk (base):~$ conda install -c bioconda bwa (base):~$ conda install -c bioconda gatk4 输入bwa,gatk4验证是否成功 第二部分 安装过程中遇到的问题及解决办法 1. 环境变量配置的时候,...
以安装fastq 质控软件fastp为例,可以在https://anaconda.org/上搜寻软件和对应的版本,按照提示安装即可,也可以在conda环境下先搜索软件,然后选择需要的版本(默认最新版本)安装: conda search fastp #搜寻软件 conda install bioconda::fastp #安装fastp,"yes"后完成安装, which fastp #~/miniconda3/bin/fastp 可以...
解决⽅法:salmon 默认安装的版本太旧了,更新⼀下即可: conda update salmon fastp 使⽤ conda 在⼩环境中安装 fastp 后,调⽤帮助⽂档报错 fastp: ~/miniconda3/envs/rna/bin/../lib/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.22' not
conda install fastp 11.1,然后看看fastp能不能用,命令,有东西出来就行: fastp -h 11.2,我们使用conda安装软件的时候,可以在这个网站查看conda安装的命令 https://anaconda.org/ 11.3,如查看fastqc这个软件的安装命令 11.4,进去,找到fastqc,再点进去,可以看见安装命令。大部分的软件都可以用conda下载的。
安装fastp conda install fastp 一直yes回车即可,查看安装位置 which fastp 安装blast conda search blast #搜索blast在conda的名称和版本 conda install blast #安装最新的balst conda install blast=版本号 #安装指定版本 which blastp #查找blastp软件,而不是软件包blast ...
conda install gatkorconda install fastp bwa picard gatk snpeff conda install-c bioconda fastp bwa picard gatk snpeff 安装指定版本包,比如snpeff v4.3 conda install snpeff=4.3 安装samtools请指定版本,默认版本过低,强制卸载后重装命令 conda install-c bioconda samtools=1.9--force-reinstall ...
conda install fastp 11.1,然后看看fastp能不能用,命令,有东西出来就行: fastp -h 11.2,我们使用conda安装软件的时候,可以在这个网站查看conda安装的命令 https://anaconda.org/ 11.3,如查看fastqc这个软件的安装命令 11.4,进去,找到fastqc,再点进去,可以看见安装命令。大部分的软件都可以用conda下载的。
conda install fastp 11.1,然后看看fastp能不能用,命令,有东西出来就行: fastp -h 11.2,我们使用conda安装软件的时候,可以在这个网站查看conda安装的命令 https://anaconda.org/ 11.3,如查看fastqc这个软件的安装命令 11.4,进去,找到fastqc,再点进去,可以看见安装命令。大部分的软件都可以用conda下载的。