Heatmap(gdata, clustering_method_columns = "complete",#聚类方法,这是默认方法 cluster_columns = TRUE,show_column_names = F,column_names_rot = 90,调整行列名,隐藏列名 row_split = 3, column_split = 3,# 分区 name = "heat") #命名 Heat
p1 <- Heatmap(mat, name = "mat1", clustering_distance_rows = "pearson", column_title = "pre-defined distance method(1-pearson)") p2 <- Heatmap(mat, name = "mat2", clustering_distance_rows = function(m) dist(m), column_title = "a function that calculates distance matrix") p1 +...
o1 = seriate(dist(mat), method ="GW") ## Registered S3 method overwritten by 'gclus': ## method from ## reorder.hclust seriation o2 = seriate(dist(t(mat)), method ="GW") Heatmap(mat, name ="mat", cluster_rows = as.dendrogram(o1[[1]]), cluster_columns = as.dendrogram(o2[[...
执行分层聚类的方法,可以通过clustering_method_rows和clustering_method_columns指定。可能的方法是hclust()函数中支持的方法。 Heatmap(mat, name = "mat", clustering_method_rows = "single") singleheatmap_29 如果已经有一个聚类对象,则可以忽略距离设置,并将cluster_rows或cluster_columns设置为聚类对象或聚类函...
cluster_columns = dend1,#列方向添加 簇级 树聚类column_split = length(unique(cell.meta$Identity)),#热图列方向按簇拆分#热图主体column_dend_height = unit(2,"cm"),#树的高度clustering_method_columns ="spearson",#树的聚类方法column_title ="_OH_MY_Doheatmap_",#列方向大标题column_title_sid...
Heatmap(mat,name="mat",cluster_columns=T,cluster_rows=F,## turn off row clustering show_column_dend=T,## hide column dendrogram show_row_dend=F,column_dend_side="top",#dendrogram location column_dend_height=unit(4,"cm")) 代码语言:javascript ...
Heatmap(mat, name = "mat", clustering_method_rows = "single") plot of chunk unnamed-chunk-23 2.3.3 自定义聚类树颜色 可以借助dendextend包自定义聚类树的颜色,具体做法如下: 代码语言:text AI代码解释 library(dendextend) 代码语言:txt
clustering_method_columns = “complete”, #clustering_method_columns:列聚类方法,可参考hclust column_dend_side = c(“top”, “bottom”), #column_dend_side:列聚类树位置,上(“top”),下(“bottom”) column_dend_height = unit(10, “mm”), 行聚类树的高度,unit对象 show_column_dend = TRUE...
Heatmap(mat, name = "foo", clustering_method_rows = "single") library(cluster) Heatmap(mat, name = "foo", cluster_rows = as.dendrogram(diana(mat)), cluster_columns = as.dendrogram(agnes(t(mat))) row_dend_reorder 参数,逻辑值,用于控制对行是否进行排序,默认的开启的;而对于row_order 则...
这个计算方式是通过1--cor(x,y,method)来实现的。在函数当中则是通过clustering_distance_rows/columns来进行实现的。 *2、cluster_rows分开设置不同的颜色 我们可以通过column/row_dend_reorder来对聚类的结果进行重新排序 一般情况下,热图当中各个观测值的顺序是基于聚类的分组来进行排列的。有时候我们想要自己排序...