row_order()和column_order()可以获取热图列表的行列顺序。 记住:是对draw函数的返回对象进行操作 例如,对于如下热图列表 ht1 <- Heatmap( mat1, name = "rnorm", col = col_rnorm) ht2 <- Heatmap( mat2, name = "runif", col = col_runif) ht_list <- ht1 + ht2 ht_list <- draw(ht_list...
Heatmap(matrix=mat,name='mat',column_order=paste0('col_',1:20),cluster_rows=F,cluster_columns=F) 通过column_order参数指定一个你想要的顺序向量即可(行同理),还是很方便的,注意,这本身并没有改变你的数据,只是换了一个呈现的顺序而已: 行(列)名(这部分主要包括行列名细节调整,如角度、颜色等以及行...
通过row_order/column_order函数自定义其排序,为方便展示选择前30个基因。 mat <- mat[1:30,] Heatmap(mat, name ="mat", row_order = order(as.numeric(gsub("gene","", rownames(mat))),#将gene1替换为1,在排序column_order =sort(colnames(mat)), column_title ="reorder matrix") AI代码助手...
column/row_dend_side :聚类图绘制的位置 column_dend_height/row_dend_widht:聚类树的高度 和 宽度 Heatmap(mat, name ="mat",cluster_columns = T,cluster_rows = F,## turn off row clusteringshow_column_dend = T,## hide column dendrogramshow_row_dend = F,column_dend_side ="top",#de...
mat<-mat[1:30,]Heatmap(mat,name="mat",row_order=order(as.numeric(gsub("gene","",rownames(mat))),#将gene1替换为1,在排序 column_order=sort(colnames(mat)),column_title="reorder matrix") 注:此处将gene1,gene10 先替换掉gene(不去的话是按照ASCII码),然后按照数值排序。 参考...
mat <- mat[1:30,]Heatmap(mat, name = "mat",row_order = order(as.numeric(gsub("gene", "", rownames(mat))), #将gene1替换为1,在排序column_order = sort(colnames(mat)),column_title = "reorder matrix") 注:此处将gene1,gene10 先替换掉gene(不去的话是按照ASCII码),然后按照数值排序...
因为右上角和左下角的两个部分其横纵坐标不相等(分别是1和2),所以会被加上黑色边框。 提取热图信息 很多时候当我们绘制出已经聚类的热图后想获知途中行和列的顺序,这个时候就涉及到如何提取热图的信息,很简单,我们只需要使用: row_order() column_order() 两个函数就可以实现。 例如: p1<-Heatmap(matrix...
co <- column_order(ht) value <- runif(10) decorate_annotation("foo", { # value on x-axis is always 1:ncol(mat) x <- 1:10 # while values on y-axis is the value after column reordering value <- value[co] pushViewport(viewport(xscale = c(0.5, 10.5), yscale = c(0, 1))) ...
row_order = 1:nrow(mat), column_order = sample_order 代码语言:javascript 复制 sample_order=scan(paste0(system.file("extdata",package="ComplexHeatmap"),"/sample_order.txt"),what="character")oncoPrint(mat,alter_fun=alter_fun,col=col,row_order=1:nrow(mat),column_order=sample_order,remove...
column_order = NULL, #column_order:列的顺序。它可以轻松调整矩阵和列注释的列顺序 row_names_side = c(“right”, “left”), #row_names_side:行名称位置。 show_row_names = TRUE, #show_row_names:是否展示行名称 row_names_max_width = default_row_names_max_width(), #row_names_max_width...