CMap数据库主要用于寻找药物、化合物和生物过程之间的关系,并用于药物重定位(drug repurposing)和疾病机制研究。 数据来源:不同细胞系; 数据结果:采用的蛋白质层面的数据和小分子药物之间的扰动关系; 数据含量:包含超过150万(这里应该是指不同刺激/条件下的信息数量?)条基因表达谱的库,这些表达谱来自约5000种小分子...
CMap数据库作为潜在药物研究的强大工具,能够进一步推动组学研究成果的临床转化。在非常多的组学文献中[1-4],都通过CMap数据库比对自己项目的基因表达谱数据来获得潜在小分子化合物药物列表,并通过系列的基础实验验证潜在药物的治疗效果(如下图,作者通过CMap筛选得到三种潜在药物Sulconazole、Menadione、GW8510,后续开展细胞...
cmap数据库是一个用于存储和查询化学信息的大型数据库,它包含了许多化学物质的结构和性质数据。 cmap数据库 一、简介 CMap(Connectivity Map)是一个专业的科学数据库,由哈佛医学院的布罗德研究所创建和维护,它通过整合大量的基因表达数据和化合物处理数据,帮助研究人员识别药物和疾病之间的关联性,并发现新的治疗方法和...
CMap是一个生物信息学数据库和工具,旨在通过比较基因表达谱来揭示药物、基因和疾病之间的潜在关联。CMap数据库主要用于寻找药物、化合物和生物过程之间的关系,并用于药物重定位(drug repurposing)和疾病机制研究。 数据来源:不同细胞系; 数据结果:采用的蛋白质层面的数据和小分子药物之间的扰动关系; 数据含量:包含超过15...
CMap数据库的结果解读主要包括以下几个方面: 1.差异基因表达分析:CMap数据库通过处理不同类型试剂(小分子化合物为主)处理的细胞系,进行转录组层面的测序,分析这些试剂所造成的相对于正常细胞系的差异基因图谱。通过比较不同条件下的基因表达谱,可以发现与特定药物或疾病相关的差异表达基因。 2.药物与基因的关联性分析...
当前，许多药物引起的分子扰动信号资源被发展，最著名当属细胞系层次的药物引起的基因扰动信号资源CMAP及其扩展版本LINCS L1000，已经被广泛应用于药物研发领域，但目前还没有病人来源的癌症药物引起的基因表达信号资源。近日，国家蛋白质科学中心（北京）李栋研究员/贺福初院士/刘中扬副研究员团队在Nucleic Acids Research...
cMAP 数据库是一个可以进行基因表达谱分析的数据库,通过将基因列表分为上调和下调两类,并采用 GSEA 算法评价与库中药物标识的相似性,从而输出与未知功能化合物功能关联的药物,并按相似性进行排序。以下是 cMAP 数据库的使用步骤: 1. 进入数据库界面,点击【tools】【query】。 2. 选择【Individual query】,上传上...
01 cMAP数据库原理 创建者通过分析药物处理不同细胞后测序记录的基因表达谱，建立了这一数据库。用户可以将自己的测序分析结果与数据库中的数据进行比对。通过计算差异基因列表与参考基因表达谱的相似性，得到一个相关性分数（-100至100），帮助用户找到可能与疾病相关的药物。02 注册 注册仅限于通过教育...
数据库#CMAP数据库简介 说起cMap(connectivitymap),可以说是在生物信息专业的无人不知无人不晓了,作为一个很有名气,而且也很早就建立起的化学试剂作用表达谱数据库,而且后期还加入了GSEA算法,使得研究者可以通过自己做出的不论是疾病表达谱还是化学物质刺激后的表达谱所获得差异表达基因,通过在cMap中的查询,可以获得...
CMap的使用 为什么使用CMap: 如果你要存储的每个数据至少有一个唯一的标志(数字、字符、字符串、类的对象。。。),并且这些数据会频繁的被查找和替换。那么你就需要使用CMap类来简化你的代码,提高你的效率。 CMap就是对Hash表的一种实现。对于Hash表来说,我们需要提供成对的Key与Value进行操作,其实,也就是将我们...