CMap是一个生物信息学数据库和工具,旨在通过比较基因表达谱来揭示药物、基因和疾病之间的潜在关联。CMap数据库主要用于寻找药物、化合物和生物过程之间的关系,并用于药物重定位(drug repurposing)和疾病机制研究。 数据来源:不同细胞系; 数据结果:采用的蛋白质层面的数据和小分子药物之间的扰动关系; 数据含量:包含超过15...
CMap是一个生物信息学数据库和工具,旨在通过比较基因表达谱来揭示药物、基因和疾病之间的潜在关联。CMap数据库主要用于寻找药物、化合物和生物过程之间的关系,并用于药物重定位(drug repurposing)和疾病机制研究。 数据来源:不同细胞系; 数据结果:采用的蛋白质层面的数据和小分子药物之间的扰动关系; 数据含量:包含超过15...
cmap数据库是一个用于存储和查询化学信息的大型数据库,它包含了许多化学物质的结构和性质数据。 cmap数据库 一、简介 CMap(Connectivity Map)是一个专业的科学数据库,由哈佛医学院的布罗德研究所创建和维护,它通过整合大量的基因表达数据和化合物处理数据,帮助研究人员识别药物和疾病之间的关联性,并发现新的治疗方法和...
CMap数据库作为潜在药物研究的强大工具,能够进一步推动组学研究成果的临床转化。在非常多的组学文献中[1-4],都通过CMap数据库比对自己项目的基因表达谱数据来获得潜在小分子化合物药物列表,并通过系列的基础实验验证潜在药物的治疗效果(如下图,作者通过CMap筛选得到三种潜在药物Sulconazole、Menadione、GW8510,后续开展细胞...
CMap 数据库包含了 1309 种小分子药物处理 5 种人类肿瘤细胞系前后的基因芯片数据。处理条件多种多样,包括不同药物、不同浓度、不同处理时长等等,大多数处理条件都有三个处理样本以及对应的三个及以上空白对照组。 CMap 的结果解释 做计算生物学的用户往往会把 CMap 所有的基因芯片数据下载下来然后做各自的后续分析...
CMap数据库的结果解读主要包括以下几个方面: 1.差异基因表达分析:CMap数据库通过处理不同类型试剂(小分子化合物为主)处理的细胞系,进行转录组层面的测序,分析这些试剂所造成的相对于正常细胞系的差异基因图谱。通过比较不同条件下的基因表达谱,可以发现与特定药物或疾病相关的差异表达基因。 2.药物与基因的关联性分析...
cMAP 数据库是一个可以进行基因表达谱分析的数据库,通过将基因列表分为上调和下调两类,并采用 GSEA 算法评价与库中药物标识的相似性,从而输出与未知功能化合物功能关联的药物,并按相似性进行排序。以下是 cMAP 数据库的使用步骤: 1. 进入数据库界面,点击【tools】【query】。 2. 选择【Individual query】,上传上...
cmap(Connective Map)数据库简单来说就干了一件事:对经过不同类型试剂(小分子化合物为主)处理的细胞系进行转录组层面的测序,分析这些试剂所造成的相对于正常细胞系的差异基因图谱。并基于差异基因结果,提供一系列后续分析方案。 根据上面的解释,可引申出许多cmap的背景知识 ...
01 cMAP数据库原理 创建者通过分析药物处理不同细胞后测序记录的基因表达谱，建立了这一数据库。用户可以将自己的测序分析结果与数据库中的数据进行比对。通过计算差异基因列表与参考基因表达谱的相似性，得到一个相关性分数（-100至100），帮助用户找到可能与疾病相关的药物。02 注册 注册仅限于通过教育...
Connecivity map简称cmap)为一个基因表达谱数据库,是由Todd Golub与Eric Lander领导的菁英团队,集哈佛、剑桥大学与麻省理工学院等众多优秀研究人员所建构,利用小分子药物处理人类细胞后的基因表现差异,建立一个小分子药物、基因表现与疾病相互关连的生物应用数据库。研究团队认为以基因表达谱为所建立之基因、疾病与药物的...