clusterProfiler包做GO分析 elaine2017 R语言通路富集分析clusterProfiler 在我们获得差异基因后,想知道差异基因的功能,这时候就需要对这些差异基因进行富集分析,在线的网站一般包括David、KOBAS等。但是有时候会需要网站更新没办法使用的情况,我们就需要使用R… JPom bash脚本中的参数传递 https://mp.weixin.qq.com/s/M4...
在R语言中,使用clusterProfiler包进行GO富集分析是一个常见的生物信息学任务。以下是详细的步骤和代码示例,帮助你完成GO富集分析: 1. 加载clusterProfiler包和所需数据 首先,你需要安装并加载clusterProfiler包,以及用于基因注释的物种数据库包(例如,org.Hs.eg.db用于人类基因)。 R # 安装必要的包 if (!requireNamesp...
enrichplot是一个非常受欢迎的R包,在官网上每年均有数万次独立IP下载。Bioconductor上共有1905个R包,enrichplot下载量排第45位。它不仅可以对我们本实验室开发的clusterProfiler、DOSE、ReactomePA和meshes等R包的结果进行展示,也有不少R包使用enrichplot进行可视化展示,如:gprofiler2。之前已经有师妹发布了一篇关于使用enr...
clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析 本地的KEGG分析参考文章:KEGG数据库使用及通路分析教程,GO参考文章:FunRich数据库:一个主要用于基因和蛋白质的功能富集以及相互作用网络分析的独立的软件工具,当然该工具不止可以进行富集分析,具体去看文章吧。 这里就先介绍一下本地GSEA分析 我们前文说过,GSEA分析是基于表达...
使用R语言的clusterProfiler包进行GO富集分析，并利用enrichplot、GOplot和ggplot2进行绘图的步骤如下：GO富集分析：使用clusterProfiler包对基因列表执行GO富集分析。选择GO的三种类型：生物过程、分子功能或细胞组分进行分析。将分析结果输出为txt文件以便后续查看和使用。使用enrichplot包绘制图表：利用enrichplot包...
加载相应R依赖包 数据导入 基因ID转换 常规GO富集图 组间差异比较GO富集图 最后是出图并输出整体结果可以看到结果展示了两组间各自富集的GO功能,这样就能很好的展示各自组特异的功能富集结果。 代码合集 代码分享│TCGA数据获取有困难,不会预处理,学习起来(付费) 代码分享│生信分析之R语言分析相关性及可视化的N种风...
clusterProfiler是业界很出名的YGC写的R包,非常通俗易懂,也很好用,可以直接根据cuffdiff等找差异的软件找出的差异基因entrez ID号直接做好富集的所有内容; Bioconductor网站上面有关于它的介绍,按照上面说的方式来安装即可 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html ...
使用ClusterProfiler包进行KEGG富集分析报错的可能原因及解决方案如下：R版本升级导致的不兼容：原因：升级R版本后，可能导致ClusterProfiler包或其依赖的某些函数与新版R不兼容。解决方案：降低R版本：如果可能，尝试将R版本降低到之前使用的版本，以确保兼容性。运行特定代码：针对utils::download.file报错问题，...
1.加载相应R依赖包: library("clusterProfiler") library("org.Mm.eg.db") library("enrichplot") library("ggplot2") 2.数据导入 输入数据格式如下所示,只需要2列即可,一列是分组信息,一列是基因ID。 3.基因ID转换 我们将基因symbol转换成ENTREZID,OrgDb参数是选择物种的,这里我们使用的是小鼠基因,所以是org...
今天就和大家来分享一下如何在mac下安装Y叔的clusterProfiler包。 再早几年Y叔其实都会教你如何安装的,一般开头就会写2条命令和1条注释: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 install.packages(“devtools")devtools::install_github(“GuangchuangYu/clusterProfiler”) ...