ChIP-seq ChIP-seq是一种研究蛋白质与基因组相互作用的技术，通过沉淀目的蛋白并对其与DNA的结合区域进行测序，揭示转录因子等蛋白质可能结合的靶基因。CLIP-seq CLIP-seq类似于ChIP-seq，但专注于蛋白质-RNA相互作用，通过沉淀靶蛋白并测序其结合的RNA，以识别蛋白质如何影响RNA的加工和表达。Co-IP Co-...
CLIP-seq技术与ChIP-seq类似，但侧重于检测蛋白质与RNA的相互作用。同样，蛋白质与细胞或组织中的RNA交联，然后通过裂解细胞释放RNA复合物，并与特异性抗体一同孵育实现免疫沉淀。交联逆转后，DNA片段纯化，转化为测序文库，进行高通量测序，识别出蛋白质结合的RNA区域。Co-IP技术用于检测蛋白-蛋白互作。通过...
小伙伴都知道小编家的明星产品ChIP-seq,通过免疫共沉淀获得蛋白互作的DNA;同样的蛋白和RNA有着千丝万缕的互作关系,获得蛋白结合的RNA就需要我们的RIP-seq & CLIP-seq展现魅力了。 简单来说是通过抗体与靶蛋白进行免疫沉淀反应,将共沉淀下来的RNA分子进行高通量测序。高通量测序作为“科研神队友”,结合传统的免疫沉淀...
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PAR-CLIP ，用于识别RNA结合蛋白的结合位点和microRNA-核糖核蛋白复合物（miRNPs）的另一种方法；RIP芯片 ，相同的目标和第一步骤，但不使用交联，使用微阵列而不是测序；ChIP-seq ，寻找，DNA的相互作用而不是RNA；SELEX ，找到一个共识结合序列的方法。
CLIP根据细胞处理方式和检测方式的不同,分为HITS-CLIP、PAR-CLIP、iCLIP。 HITS-CLIP也称为CHIP-seq,即通常所说的CLIP。将紫外线交联和免疫沉淀与高通量测序结合,以鉴定RNA结合蛋白的结合位点。该技术可用于检测特定RNA结合蛋白的RNA结合位点,或利用m6A抗体检测RNA修饰(m6A)位点,也可用于检测AGO2的靶标microRNA。
1 CLIP 测序 CLIP-Seq （crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing ）即紫外交联免疫沉淀结合高 通量测序， 通过高通量研究RNA 结合蛋白（RNA Binding protein ，RBP ）在体内与众多 RNA 靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能，是一项在全基因组水平揭示 RNA 分子与RBP 相互...
我们可以对 DNA 使用标准比对（对于 ChIPseq），但我们增加了最大允许片段长度以捕获代表多核小体信号的...
CLIP、RIP-seq两种技术,我觉得就可以简单理解为RNA版本的ChIP-seq encode 即主要研究特定RNA binding protein(RBP)在RNA上的分布以及RNA特定修饰的情况。从而达到以下目的-- (1)验证RNA与靶蛋白的直接相互作用及精确的结合位点; (2)在全基因组范围内鉴定RNA与RBP的相互作用网络; ...