CUT&Tag技术在实验流程的简化、样本需求量的降低、信噪比与数据质量的提升以及广泛的应用前景等方面均表现出相较于ChIP-seq的优势。表现为:clean data 占比高,mapping 率更稳定,peak 位点准确有效,更适用于微量样本,对常见的组蛋白和转录因子具有很好的适用性,且对不同的细胞样本(包括人、动物、植物、微生物等)...
Although peak calling is often the final step in many CLIP-seq publications, an important follow-up task is the determination of binding models from CLIP-seq data. This is central because CLIP-seq experiments are highly dependent on the transcriptional state of...
CLIP-SEQ数据的计算分析 Computational analysis of CLIP-seq data. |核心内容: CLIP-SEQ实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白结合位点的最重要手段。 计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去...
seq1 = "ATAC_Data/ATAC_FQs/SRR891269_2.fastq" ) asBam("ATAC_50K_2_bowtie2.sam")8....
CLIP-seq,也称为HITS-CLIP,是一种在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是利用紫外照射使RNA分子与RNA结合蛋白发生耦联,然后使用特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀,回收其中的RNA片段。经过添加接头、RT-PCR等步骤进行高通量测序,再通过生物信息学的分析和处理,揭示RNA结合蛋白与RNA...
刚刚接触CLIP-seq实验或新加入实验室的小伙伴们,可能会感到有些迷茫。实验步骤复杂,资料难以找到,甚至有些教程需要付费。为了帮助大家更好地掌握CLIP-seq实验的基础知识和操作要点,我们特别邀请了高年级的硕博生来分享他们的经验,并设有答疑环节。 本次分享的内容包括: RNA结合蛋白的种类 🌱 CLIP-seq的分类和应用...
HiSeqPE150测序 一般测序数据量:3Gbcleandata 大测序数据量:6Gbcleandata 80个工作日 建库方法技术流程 CLIP测序 2 康测科技技术优势 (1)专攻IP(ChIP、RIP、CLIP)的博硕团队,拥有十年丰富的经验积累; (2)提供专业的抗体选择辅助指导,并对抗体进行质检、效价分析,提供文章发表质量的IP报告; (3)特有的Peakcalling...
We handle everything: from getting your samples ready and doing the UV cross-linking to immunoprecipitation, high-throughput sequencing, and breaking down the data. This way, you get reliable results and insights that really matter for your research. What is CLIP-Seq? CLIP-Seq, or HITS-CLIP,...
CLIPdb: a CLIP-seq database for protein-RNA interactions 作者:Yang, Yu-Cheng T.; Di, Chao; Hu, Boqin; Zhou, Meifeng; Liu, Yifang; Song, Nanxi; Li, Yang; Umetsu, Jumpei; Lu, Zhi John* 来源:BMC Genomics, 2015, 16(1): 51. ...
seq1 = "ATAC_Data/ATAC_FQs/SRR891269_1.fastq", seq1 = "ATAC_Data/ATAC_FQs/SRR891269...