批量cis-pQTL孟德尔随机化分析批量共定位分析靶点基因的验证靶点基因的单细胞分析上述步骤还是挺多的,就数据的处理都非常麻烦,需要长时间的运行代码,对电脑配置要求很高,普通电脑根本就处理不了,后续分析步骤也需要比较好的编程能力,对于小白来说,这些分析不好操作,所以用别人处理好的数据和代码流程会比较好。
在737个蛋白中观察到了显著关联的812个独立变异,称为cis-pQTL。 复制分析 为了研究KARMA中鉴定的cis-pQTL的有效性,作者将从KARMA得到的pQTL与前期报道的SCALLOP CVD-I研究中使用Olink PEA测量的90种蛋白质进行了效应大小(beta-estimates)比较。 在这90种蛋白质中,SCALLOP CVD-I研究报告的33种蛋白质的cis-pQTL与KA...
http://weixin.qq.com/r/QD8OFnDExi25rTR192pS (二维码自动识别) 提取cis & trans 符合要求的是cis, trans则是cis的取反 这样我们就讲cis 和 trans取出来啦。下一步就是对cis和trans进行clump,留到下期再讲叭 已经更新,在这里 Decode蛋白质pQTL数据处理完整代码—本地clump(三) - 知乎 (zhihu.com)...
在737个蛋白中观察到了显著关联的812个独立变异,称为cis-pQTL。 复制分析 为了研究KARMA中鉴定的cis-pQTL的有效性,作者将从KARMA得到的pQTL与前期报道的SCALLOP CVD-I研究中使用Olink PEA测量的90种蛋白质进行了效应大小(beta-estimates)比较。 在这90种蛋白质中,SCALLOP CVD-I研究报告的33种蛋白质的cis-pQTL与KA...
pQTL分两类:顺式pQTL(cis-pQTL)和反式pQTL(trans-pQTL),顺式pQTL通常在编码蛋白质的基因或其附近的基因上,可以通过直接影响蛋白质的转录、翻译、降解、稳定性或活性来直接调节蛋白质的表达水平;反式pQTL距离编码蛋白质的基因较远,通常位于不同染色体上,通过影响蛋白质的调控途径、转运、稳定性等间接影响蛋白质的...