今天分享一篇8.7分的cis-pQTL联合单细胞分析SCI论文思路,这篇文章来源期刊详细信息如下: 文章的具体思路与步骤如下:1、冰岛pQTL数据的下载、结局数据的下载 2、批量提取cis-pQTL数据 3、过滤提取好的cis-pQTL数…
1、冰岛pQTL数据的下载、结局数据的下载 2、批量提取cis-pQTL数据 3、过滤提取好的cis-pQTL数据 4、批量cis-pQTL孟德尔随机化分析 5、批量共定位分析进一步筛选靶点 6、靶点基因的验证(使用额外的pQTL或者eQTL) 7、对靶点基因进行单细胞分析 首先需要到网址:https://www.decode.com/summarydata/上下载冰岛pQTL的原...
为了研究已鉴定的cis-pQTL的普遍性,作者搜集了在前期发表的基于Somascan蛋白质组学平台报告的变异或处于高连锁不平衡(LD)(>0.8)的变异,并与已鉴定的cis-pQTL求交集得到569种蛋白质。在KARMA中观察到的603个显著的cis-pQTL中,有374个蛋白(Bonferroni-corrected(p<6.1×10−5))观察到复制证据,有229个cis-pQTL在...
我们发现,在至少一个组织中的相同基因中,大约73.9%的前哨cis-pQTL或与其有高LD (r2>0.8)的变体也是重要的cis-eQTL。此外,配对共定位表明,对于49.4%的显著SOMAmers,cis-pQTL与cis-eQTL在至少一个具有高后验概率(PP. H4≥80%)的GT...
首先要想知道是cis还是trans,我们必须知道pQTL在其对应的基因的什么位置上。 对应的基因我们根据文件名获得 基因位置我们根据参考基因组注释文件gencode.v43.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf.gz来获得。 该文件可以从gencode上下载,记得选择hg38的参考基因组信息。
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2. pQTL暴露数据批量处理[118.UKB_PPP数据(pQTL)下载和暴露处理(M80)] 1197 0 05:18 App 13.共定位分析(locuscompare包)【药物靶点孟德尔随机化(共定位/eQTL)】 356 0 02:21 App 03.乳酸化基因获取【乳酸化多组学(eQTL/pQTL/SMR)GEO孟德尔随机化】 403 0 02:42 App 03.暴露eQTL数据准备【零基础SM...
latex2exp v.0.4.0.cis-pQTL mapping was performed using QTLtools v.1.2 (Binary CentOS 7.8). The publicly available summary-level statistics and analysis relevant to analyzing genotype data were performed by PLINK v.2.0 and PLINK v.1.9.cis-h2analysis was performed using GCTA v.1.93.0 beta. ...
Trans-pQTLmetQTLA genome-wide association study (GWAS) correlates variation in the genotype with variation in the phenotype across a cohort, but the causal gene mediating that impact is often unclear. When the phenotype is protein abundance, a reasonable hypothesis is that the gene encoding that ...
This SNP is also a very strong (rs2248374-independent) ERAP2 eQTL and pQTL (Figure S5, see also Tables S8 and S9). In summary, this selected region downstream of ERAP2 contained SNPs that are associated with ERAP2 expression independently of rs2248374, are physically in proximity with ...