FastQTL是一款专门用于cis-eQTL分析的软件,在GTEx项目中就是采用该软件进行cis-eQTL的分析,对应的文章发表在Bioinformatics杂志上,链接如下 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/32/10/1479/1742545 源代码保存在sourceforge上,网址如下 http://fastqtl.sourceforge.net/ 该软件具有以下几个特点 运行速度快,...
上周给大家介绍了 Matrix eQTL 的用法,它利用高效的矩阵运算实现了在很短的时间内完成关联分析。在 eqtl 分析中,我们对每个基因都进行了大量检验,所以我们必须进行多重检验校正。最简单的方案就是用 Bonferroni 法校正 P 值。然而由于不同基因组区域的特异性以及不同位点
4. 进行eQTL分析 代码如下 运行完成之后,查看对应的输出结果即可,cis和trans的输出结果是类似的,示意如下 cis和trans本质上就是通过SNP位点和gene之间的距离进行区分,首先对所有的SNP-gene对进行计算,然后根据距离阈值将结果进行拆分,小于阈值的SNP-gene对归于cis-eQTL, 大于阈值的归于trans-eQTL。 ·end· —如果...
FastQTL是一款专门用于cis-eQTL分析的软件,在GTEx项目中就是采用该软件进行cis-eQTL的分析,对应的文章发表在Bioinformatics杂志上,链接如下 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/32/10/1479/1742545 源代码保存在sourceforge上,网址如下 http://fastqtl.sourceforge.net/ 该软...
FastQTL是一款专门用于cis-eQTL分析的软件,在GTEx项目中就是采用该软件进行cis-eQTL的分析,对应的文章发表在Bioinformatics杂志上,链接如下 https://academic./bioinformatics/article/32/10/1479/1742545 源代码保存在sourceforge上,网址如下 http://fastqtl./ ...
A、在eQTL数据中算出对应于该基因的所有的cis-SNPs的一个权重 B、把权重代入到GWAS的数据当中,得到预测基因表达值 C、将预测的基因表达值和复杂疾病或性状建立关联分析 D、利用GWAS中基因表达数据,得到预测的基因表达值 E、将GWAS的基因表达值与复杂疾病或性状建立关联分析 ...
Matrix是一款经典的eQTL分析软件,可以支持cis和trans-eQTL的分析,官网如下 http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL/ 其运行速度快,官方给出的和其他工具的运行速度比较结果如下 支持线性回归和ANOVA等模型,同时支持协变量的矫正。该软件有对应的R包,使用简便,基本用法如下 ...
4. 进行eQTL分析 代码如下 运行完成之后,查看对应的输出结果即可,cis和trans的输出结果是类似的,示意如下 cis和trans本质上就是通过SNP位点和gene之间的距离进行区分,首先对所有的SNP-gene对进行计算,然后根据距离阈值将结果进行拆分,小于阈值的SNP-gene对归于cis-eQTL, 大于阈值的归于trans-eQTL。
TWAS设计主要分为下面哪三步 A、在eQTL数据中算出对应于该基因的所有的cis-SNPs的一个权重 B、利用GWAS中基因表达数据,得到预测的基因表达值 C、把权重代入到GWAS的数据当中,得到预测基因表达值 D、将预测的基因表达值和复杂疾病或性状建立关联分析 E、将GWAS的基因表达值与复杂疾病或性状建立关联分析...
Matrix是一款经典的eQTL分析软件,可以支持cis和trans-eQTL的分析,官网如下 http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL/ 其运行速度快,官方给出的和其他工具的运行速度比较结果如下 支持线性回归和ANOVA等模型,同时支持协变量的矫正。该软件有对应的R包,使用简便,基本用法如下 ...