110.cis-eQTL暴露数据批量处理,拿来直接做孟德尔随机化分析, 视频播放量 815、弹幕量 0、点赞数 12、投硬币枚数 4、收藏人数 40、转发人数 7, 视频作者 生信私学, 作者简介 ,相关视频:2. pQTL暴露数据批量处理[118.UKB_PPP数据(pQTL)下载和暴露处理(M80)],13.共定位分析
cis-eQTL分析中FastQTL的性能怎样提升? FastQTL用于cis-eQTL分析有何优势? 上周给大家介绍了 Matrix eQTL 的用法,它利用高效的矩阵运算实现了在很短的时间内完成关联分析。在 eqtl 分析中,我们对每个基因都进行了大量检验,所以我们必须进行多重检验校正。最简单的方案就是用 Bonferroni 法校正 P 值。然而由于不同基...
cis-eQTL分析中FastQTL的性能怎样提升? FastQTL用于cis-eQTL分析有何优势? 上周给大家介绍了 Matrix eQTL 的用法,它利用高效的矩阵运算实现了在很短的时间内完成关联分析。在 eqtl 分析中,我们对每个基因都进行了大量检验,所以我们必须进行多重检验校正。最简单的方案就是用 Bonferroni 法校正 P 值。然而由于不同基...
Expression Quantitative Trait Loci - an overview | ScienceDirect Topics 我检索了一下表达数量性状位点 1. 在Systems Medicine书中写到是TSS前后1Mb左右 Conventionally variants within a short distance (about 1 Mb) on either side of a gene׳s transcription starting site (TSS) are called cis eQTLs, ...
Cis-eQTL:又称local-eQTL,指距离调控的基因非常近eQTL,小于1Mb(更宽松的可用5Mb)。比如,该基因的promoter段的SNP。 Trans-eQTL:又称distal/ indirect-eQTL,距离调控的基因非常远的eQTL,大于5Mb以上,甚至不在同一条染色体上。比如,调节该基因的共转录因子的DNA段。
FastQTL是一款专门用于cis-eQTL分析的软件,在GTEx项目中就是采用该软件进行cis-eQTL的分析,对应的文章发表在Bioinformatics杂志上,链接如下 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/32/10/1479/1742545 源代码保存在sourceforge上,网址如下 ...
cis和trans本质上就是通过SNP位点和gene之间的距离进行区分,首先对所有的SNP-gene对进行计算,然后根据距离阈值将结果进行拆分,小于阈值的SNP-gene对归于cis-eQTL, 大于阈值的归于trans-eQTL。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—
C. Holmes. Robust linear models for cis-eqtl analysis. PloS one, 10(5):e0127882, 2015.Rantalainen M, Lindgren CM, Holmes CC. Robust Linear Models for Cis-eQTL Analysis. PloS one. 2015; 10(5):e0127882. Epub 2015/05/21. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0127882 PMID: 25992607...
analyses we definedcis- as a 250-kb region spanning each SNP. Thecis-eQTL-based analysis explained a further 0.25% of the variation in gene expression in HGSOCs. From 906,600 variants on the Affymetrix SNP6.0 arrays, this represents 592 eQTL associations with a false discovery rate (FDR) ...
(eQTL) analyses using blood-derived expression from 31,684 individuals through the eQTLGen Consortium. We detectedcis-eQTL for 88% of genes, and these were replicable in numerous tissues. Distaltrans-eQTL (detected for 37% of 10,317 trait-associated variants tested) showed lower replication rates...