eQTL:expression quantitative trait loci, 表达定量性状基因位点,指控制特定基因表达的的一段DNA。 Cis-eQTL:又称local-eQTL,指距离调控的基因非常近eQTL,小于1Mb(更宽松的可用5Mb)。比如,该基因的promoter段的SNP。 Trans-eQTL:又称distal/ indirect-eQTL,距离调控的基因非常远的eQTL,大于5Mb以上,甚至不在同一条染...
cis和trans本质上就是通过SNP位点和gene之间的距离进行区分,首先对所有的SNP-gene对进行计算,然后根据距离阈值将结果进行拆分,小于阈值的SNP-gene对归于cis-eQTL, 大于阈值的归于trans-eQTL。
4. 进行eQTL分析 代码如下 运行完成之后,查看对应的输出结果即可,cis和trans的输出结果是类似的,示意如下 cis和trans本质上就是通过SNP位点和gene之间的距离进行区分,首先对所有的SNP-gene对进行计算,然后根据距离阈值将结果进行拆分,小于阈值的SNP-gene对归于cis-eQTL, 大于阈值的归于trans-eQTL。 ·end· —如果...
该文件读取的代码如下 4. 进行eQTL分析 代码如下 运行完成之后,查看对应的输出结果即可,cis和trans的输出结果是类似的,示意如下 cis和trans本质上就是通过SNP位点和gene之间的距离进行区分,首先对所有的SNP-gene对进行计算,然后根据距离阈值将结果进行拆分,小于阈值的SNP-gene对归于cis-eQTL, 大于阈值的归于trans-eQTL。
cis-eQTL mapping was performed using FastQTL [72]. The mapping window was defined as 1 Mb up- and down-stream of the transcription start site (TSS), and the adaptive permutation mode was used with the setting --permute 1000 10000. genebody的观点我也查到过。不过已经找不到reference了,如...
FastQTL是一款专门用于cis-eQTL分析的软件,在GTEx项目中就是采用该软件进行cis-eQTL的分析,对应的文章发表在Bioinformatics杂志上,链接如下 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/32/10/1479/1742545 源代码保存在sourceforge上,网址如下 http://fastqtl.sourceforge.net/ ...
Trait-associated genetic variants affect complex phenotypes primarily via regulatory mechanisms on the transcriptome. To investigate the genetics of gene expression, we performed cis- and trans-expression quantitative trait locus (eQTL) analyses using bl
Sample code for cis/trans-eQTL analysis with Matrix eQTLAndrey Shabalin
使用FastQTL进行cis-eQTL分析,欢迎关注”生信修炼手册”!FastQTL是一款专门用于cis-eQTL分析的软件,在GTEx项目中就是采用该
To date, most expression quantitative trait loci (eQTL) studies, which investigate how genetic variants contribute to gene expression, have been performed in heterogeneous brain tissues rather than specific cell types. In this study, we performed an eQTL