首先视频免费共享在B站:【生信技能树】Chip-seq测序数据分析ChIP-SEQ实战演练的素材:链接:https://share.weiyun.com/53CwQ8B 密码:ju3rrh, 包括一些公司PPT,综述以及文献 ChIP-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述...
Y叔开发的ChIPseeker包,主要是为了能对ChIP-seq数据进行注释与可视化,主要对peak位置及peak邻近基因的注释。然而,在之后对ChIPseeker的应用中,发现它不局限于ChIP-seq,可用于其他的peak(如ATAC-seq,DNase-seq等富集得到的)注释,甚至还可用于long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs)的注释。该包功能强大之处还是在...
ChIPseeker可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化,下面我们就来介绍一下如何用ChIPseeker对chip-seq数据进行可视化操作。 操作步骤 把所有sample_peaks文件放在工作路径下,格式为 #安装程序 #source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocLite("ChIPseeker") #biocLite("TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28") ...
ChIP-Seq数据挖掘系列-2: Motif 分析(2) - HOMER Motif 分析基本步骤 ChIP-Seq数据挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs ChIP-Seq数据挖掘系列-4: liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换 ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据 ChIP-...
ChIP-seq 分析:Mapped 数据可视化(4) 1. Mapped reads 现在我们有了 BAM 文件的索引,我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的数量。 代码语言:text 复制 mappedReads <- idxstatsBam("SR_Myc_Mel_rep1.bam") TotalMapped <- sum(mappedReads[, "mapped"])...
染色质免疫共沉淀测序(CHIP-seq) 是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息。和芯片技术相比,与NGS结合的CHIP-seq具有分辨率高、噪音小…
ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9) 1. 基因注释 到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰:...
HOMER Motif 分析基本步骤 ChIP-Seq数据挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq结果在基因组区域中寻找富集的Motifs ChIP-Seq数据挖掘系列-4: liftOver - 基因组坐标在不同基因组注释版本间转换 ChIP-Seq数据挖掘系列-5.1: ngs.plot 可视化ChIP-Seq 数据 ChIP-Seq数据挖掘系列-5....
我们直接点击横排的Chip-Seq以及竖排的Homo sapiens,然后选取HEK293(红色方框标注)。 图2,数据筛选 3第三步:选择Chip-Seq目标蛋白类型 在第二步中,我们只是筛选到细胞系,这一步中,我们选择目标蛋白类型。由于组蛋白标记往往可以指示enhancer,所以这里我们以组蛋白为例进行检索(如图3) 图3,选择组蛋白...
tar zxvf ngsplot.eg.bam.tar.gz ## 测试数据非常给力,清楚的说明了,CHIP-seq数据分析-可视化需要什么样的数据。 cp ../ngsplot/example/config.example.txt ./ ## 在后面的测试代码需要用 echo 'export PATH=/home/jianmingzeng/biosoft/ngsplot/ngsplot/bin:$PATH' >>~/.bashrc ...