--d1 --d2是运行macs callpeak过程中的输出中间结果。然后运行结束会有三个文件：其中：common文件输出的是2个peak中没有显著差异的peak；cond1是前面上调的peak；反之，cond2是下调的peak；文件中最后一列用来衡量peak之间的差异程度。
Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集(即peak calling)的生物信息学工具。它主要用于处理ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)、ATAC-seq(转座酶可及性测序)和DNAse-seq(DNase I敏感位点测序)等实验的数据。这些技术广泛用于研究蛋白质与DNA的相互作用以及染色质的开放性。 主要特点和功能: 处理...
3.2 第二种方式MAnorm差异分析-一款寻找两个ChIP-Seq样本之间差异peak的软件 软件网址:https://manorm.readthedocs.io/en/latest/usage.html#id7 使用参考:https://www.jianshu.com/p/a1a17c42946f 通过比较两个样品的common peak的density差异,标准化unique peaks,也就是说,既然两个样本间common peak强度一致,...
DiffBind Differential binding analysis of ChIP-Seq peak data:ChIP-seq数据峰值diffbind结合差异分析of,帮助,data,peak,Data,Peak,ChIP,Chip,反馈意见 文档格式: .pdf 文档大小: 627.71K 文档页数: 30页 顶/踩数: 0/0 收藏人数: 1 评论次数: 0