$ ./Genrich -t sample.bam -o sample.narrowPeak -v ATAC-seq分析模块 Genrich -t mysample.bam -o mysample.narrowPeak -f mysample.genrich.log -j -r -y -e MT -p 0.01 -j Use ATAC-seq mode (def. false) -d <int> Expand cut sites to <int> bp (def. 100) -D Skip Tn5 adjus...
3.2 第二种方式MAnorm差异分析-一款寻找两个ChIP-Seq样本之间差异peak的软件 软件网址:https://manorm.readthedocs.io/en/latest/usage.html#id7 使用参考:https://www.jianshu.com/p/a1a17c42946f 通过比较两个样品的common peak的density差异,标准化unique peaks,也就是说,既然两个样本间common peak强度一致,...
DiffBind Differential binding analysis of ChIP-Seq peak data:ChIP-seq数据峰值diffbind结合差异分析of,帮助,data,peak,Data,Peak,ChIP,Chip,反馈意见 文档格式: .pdf 文档大小: 627.71K 文档页数: 30页 顶/踩数: 0/0 收藏人数: 1 评论次数: 0
--d1 --d2是运行macs callpeak过程中的输出中间结果。然后运行结束会有三个文件：其中：common文件输出的是2个peak中没有显著差异的peak；cond1是前面上调的peak；反之，cond2是下调的peak；文件中最后一列用来衡量peak之间的差异程度。
因为我上面的样本是CK和treatment的,所以需要发现2个样本之间的差异peak。 对于差异的peak我依旧用的是MACS2里面的bdgdiff包。 具体命令如下: macs2 bdgdiff --t1 BZU2_treat_pileup.bdg --c1 BZU2_control_lambda.bdg --t2 CK_treat_pileup.bdg --c2 CK_control_lambda.bdg -l 120 --d1 4191608 --d...