R语言实现CHIP-seq数据分析 ChIP-Seq是将ChIP(Chromatin Immuno precipitation)与二代测序技术相结合的技术,高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。ChIP也称为结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于修饰组蛋白、转录因子、辅因子以及其他染色质蛋白在染色质上的定位...
covplot(peak, weightCol="V5") + facet_grid(chr ~ .id)#画图多样本展示每条染色体的富集程度,也可以理解为coverage plot 展示峰在染色体上分布的图。 Rplot02.jpeg covplot(peak, weightCol="V5", chrs=c("chr17", "chr18"), xlim=c(4e7, 5e7)) + facet_grid(chr ~ .id)#截取某些片段进行展示。
例如,上述给定的示例bed文件来源物种是人,因此就需要准备人类参考基因组注释库。有些R包,例如org.Hs.eg.db中提供了已经构建好的人类参考基因组注释库,可以直接调用。此外,也可以通过GenomicFeatures包,读取基因组注释文件gff3本地构建。 推荐通过GenomicFeatures包本地构建注释库,因为绝大多数物种都是没有现成的库可用...
为了根据基因组特征注释给定峰的位置,annotatePeak将峰分配给输出的“注释”列中的基因组注释,其中包括峰是在TSS、外显子、5’UTR、3’UTR、内含子还是基因间。 代码语言:javascript 复制 peakAnno<-annotatePeak(files[[1]],tssRegion=c(-3000,3000),TxDb=txdb,annoDb="org.Hs.eg.db")##饼图形式plotAnnoP...
R 语言 |Python |生物信息学 | 医学生| SCI | 30岁 | 学习路线 | 数据分析 浏览方式(推荐使用) 哔哩哔哩 你感兴趣的视频都在B站 打开 信息网络传播视听节目许可证:0910417 网络文化经营许可证 沪网文【2019】3804-274号 广播电视节目制作经营许可证:(沪)字第01248号 增值电信业务经营许可证 沪B2-20100043...
macs2 pileup --extsize 200 -i $sample.bam -o $sample.bdg 转bam文件为bigwig文件(使用deeptools的子命令bamCoverage) bamCoverage -b kan.markdup.bam -o kan_deeptools.bw 将bigwig文件用igv打开 可以看到存在peaks峰 下游分析通过R语言开展。
xuzhougeng/R-ChIP-data-analysis. Github. 第四章-chip-seq数据分析. qiubio.com. 安装包时为什么会被区分安装在两个路径中,其中一个路径显示安装不成功。统计之都论坛. 改变R语言默认存储包的路径. faith默默. CSDN Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64). 揭文才科学网博客. Trim Galore ——自动检测...
学习交流chenxh412, 视频播放量 5、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 几棵艰苦艰苦, 作者简介 ,相关视频:两个月包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言医学会员免费学,医学科研临床放射住培特训班--头颈部解剖和病变
第一节:r语言基础学习 包括r和rstudio的安装、环境配置、数据结构等基础内容学习 第二节:在实战中进一步提升对r语言的学习,主要以geo的芯片数据下载、整理、分析为主。 第三节:芯片数据分析(主要系统指导如何使用geo数据库画生存曲线,以及无进展...
TOP10高校博士,曾任国内知名多组学技术服务公司技术负责人,全面负责多组学生信流程搭建。8年生信分析经验,4年生信培训经验,编写17款多组学分析软件(著作权已下证),擅长R、Perl、Python等编程语言和多组学大数据分析。 学习 1. PC 端:学员可以在PC端进行学习,方法是在网站"www.keyandaydayup.com"中点击视频课。