R语言实现CHIP-seq数据分析 ChIP-Seq是将ChIP(Chromatin Immuno precipitation)与二代测序技术相结合的技术,高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。ChIP也称为结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于修饰组蛋白、转录因子、辅因子以及其他染色质蛋白在染色质上的定位...
covplot(peak, weightCol="V5") + facet_grid(chr ~ .id)#画图多样本展示每条染色体的富集程度,也可以理解为coverage plot 展示峰在染色体上分布的图。 Rplot02.jpeg covplot(peak, weightCol="V5", chrs=c("chr17", "chr18"), xlim=c(4e7, 5e7)) + facet_grid(chr ~ .id)#截取某些片段进行展示。
可以看到存在peaks峰 下游分析通过R语言开展。
为了根据基因组特征注释给定峰的位置,annotatePeak将峰分配给输出的“注释”列中的基因组注释,其中包括峰是在TSS、外显子、5’UTR、3’UTR、内含子还是基因间。 代码语言:javascript 复制 peakAnno<-annotatePeak(files[[1]],tssRegion=c(-3000,3000),TxDb=txdb,annoDb="org.Hs.eg.db")##饼图形式plotAnnoP...
那么,怎样对ChIP-seq峰的结合位置进行注释呢?本篇简介一个非常好用的R包,ChIPseeker,能够快速高效地获得预期结果。 输入数据准备 输入数据就是记录ChIP-seq峰位置的bed文件,这是ChIP-seq的常见数据格式,测序公司都会给提供的。如下示例,是在人类细胞中进行的ChIP-seq试验,经下机处理并和人参考基因组hg38比对后获得...
学习交流chenxh412, 视频播放量 5、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 几棵艰苦艰苦, 作者简介 ,相关视频:两个月包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言医学会员免费学,医学科研临床放射住培特训班--头颈部解剖和病变
2、使用R语言的程序包Ballgown对Stringtie的组装结果提取分析 setwd("D:\\Rworkplace\\ballgown") sample<-read.csv("sample.csv") bg = ballgown(dataDir='./', samplePattern='SRA', pData=sample) bg_filt=subset(bg,"rowVars(texpr(bg))>1",genomesubset=TRUE) ...
xuzhougeng/R-ChIP-data-analysis. Github. 第四章-chip-seq数据分析. qiubio.com. 安装包时为什么会被区分安装在两个路径中,其中一个路径显示安装不成功。统计之都论坛. 改变R语言默认存储包的路径. faith默默. CSDN Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64). 揭文才科学网博客. Trim Galore ——自动检测...
- CisGenome:一种基于R语言的多样本分析工具,支持多种统计学方法和可视化功能。 - ChIP-seqQC:一种基于Python的多样本分析工具,提供了全面的数据分析和质量控制功能。 三、转录因子ChIP-seq数据分析方法的挑战与未来发展方向 转录因子ChIP-seq数据分析方法虽然在近年来取得了显著的进展,但仍面临一些挑战。以下是一些...
R语言基础与作图医学会员免费学 best哈尔滨_ 0 0 C-34、从零开始学 GraphPad 作图与统计:基础篇医学会员免费学 best哈尔滨_ 0 0 4.16-17 R统计高级速成班医学会员免费学 best哈尔滨_ 3 0 C-10.SCI论文写作要点(1-40全集)医学会员免费学 best哈尔滨_ 5 0 单细胞五分文章实操精讲班升级版医学会员免费...