R语言实现CHIP-seq数据分析 ChIP-Seq是将ChIP(Chromatin Immuno precipitation)与二代测序技术相结合的技术,高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。ChIP也称为结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于修饰组蛋白、转录因子、辅因子以及其他染色质蛋白在染色质上的定位...
利用ChIPseeker的seq2gene 将peak的位置与所有的基因关联起来【包括 host gene (exon/intron), promoter region and flanking gene from intergenomic region】,然后用clusterProfiler拿这些基因跑ORA,做富集 下面是根据写好的R脚本,执行顺利。 6. 单样本ChIPseeker 脚本 #工作目录,样本种属来源需要根据情况调整setwd("/...
2、使用R语言,将Hiseq定量结果,汇总成表达矩阵 setwd("D:/Rworkplace/HTSeq") Adult1 <- read.table("D:/Rworkplace/HTSeq/35_sample.count", sep="\t", col.names = c("gene_id","readsSum")) Adult2 <- read.table("D:/Rworkplace/HTSeq/36_sample.count", sep="\t", col.names = ...
R语言基础与作图医学会员免费学 best哈尔滨_ 0 0 C-34、从零开始学 GraphPad 作图与统计:基础篇医学会员免费学 best哈尔滨_ 0 0 4.16-17 R统计高级速成班医学会员免费学 best哈尔滨_ 3 0 C-10.SCI论文写作要点(1-40全集)医学会员免费学 best哈尔滨_ 5 0 单细胞五分文章实操精讲班升级版医学会员免费...
学习交流chenxh412, 视频播放量 5、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 几棵艰苦艰苦, 作者简介 ,相关视频:两个月包教包会学单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R语言医学会员免费学,医学科研临床放射住培特训班--头颈部解剖和病变
ChiP-seq流程分析 一、背景学习 本次需要学习的文献是《Target Genes of the MADS Transcription Factor SEPALLATA3: Integration of Developmental and Hormonal Pathways in the Arabidopsis Flower》 文章摘要: 作者通过寻找SEPALLATA3转录因子在全基因组的结合位点,进一步探究SEPALLATA3在分子水平的作用,结果显示SEPALLA...
第二节:在实战中进一步提升对r语言的学习,主要以geo的芯片数据下载、整理、分析为主。 第三节:芯片数据分析(主要系统指导如何使用geo数据库画生存曲线,以及无进展、无疾病、多分组的的生存曲线画图,包括热图 火山图 箱线图 小提琴图 ) 第四节...
代码语言:javascript 复制 library(ggimage)library(ggupset)upsetplot(peakAnno,vennpie=TRUE) 小编总结 ChIPseeker作为一个功能强大表观基因组富集分析包,应用范围不局限于ChIP-seq,还可以扩展到其他各种peak的注释和lncRNA的注释,它的可视化功能也是十分强大。相信小伙伴们也对它有了更深刻的了解!
实验旨在了解Chip-seq的基本原理。通过模仿文献《Targeting super enhancer associated oncogenes in oesophageal squamous cell carcinoma》的流程，学会利用NCBI和EBI数据库下载数据，熟悉Linux下的基本操作，并使用R语言画图，用Python或者shell写脚本进行基本的数据处理，通过FastQC、Bowtie、Macs、samtools、ROSE等软件进行...
ChIP-seq基础入门. 徐洲更hoptop. 简书 xuzhougeng/R-ChIP-data-analysis. Github. 第四章-chip-seq数据分析. qiubio.com. 安装包时为什么会被区分安装在两个路径中,其中一个路径显示安装不成功。统计之都论坛. 改变R语言默认存储包的路径. faith默默. CSDN Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64). 揭...