R语言实现CHIP-seq数据分析 ChIP-Seq是将ChIP(Chromatin Immuno precipitation)与二代测序技术相结合的技术,高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。ChIP也称为结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于修饰组蛋白、转录因子、辅因子以及其他染色质蛋白在染色质上的定位...
1.使用prefetch从NCBI下载文章的数据列表,GSE14600,数据发表较早为单端测序数据 cat SRR_Acc_List.txt |while read id; do nohup prefetch $id & done 下载好的数据如下: 2.使用fastq-dump转化sra文件为fastq文件 ls *.sra|while read sra; do nohup fastq-dump --split-files $sra &done 3.使用fastqc和...
赠送Linux和R语言基础课程 课程插图 第1天 ChIP-seq原理及数据分析基础 1. ChIP-seq概述 2. ChIP-seq实验方案 3. ChIP-seq数据分析基础 第2天 数据比对及Peak Calling 1. 数据比对到参考基因组 2. 比对结果区域统计 3. Peak Calling及结果统计 第3天 Peak注释 1.NR注释 2.SwissProt注释 3.GO注释 4.KEGG...
4. 结合多种数据可视化手段:通过数据可视化将数据分析结果呈现出来,以便更直观地理解分析结果。常用的可视化工具包括R语言中的Gviz和Bioinformatics等。四、CHIPseq9数据分析的应用价值1. 疾病机制研究:通过CHIPseq9数据分析,可以发现与疾病相关的基因组位点,进而揭示疾病的发生机制。例如,研究某遗传性疾病时,可以通过CHIP...
疫情期间,基因课陆续推出慢直播系列课程:《慢直播:生物信息平台搭建》《慢直播:一个完整的转录组项目》《慢直播:基因组与比较基因组分析》《慢直播:重测序与群体遗传专题》《慢直播:R语言与生物信息出版级绘图》《慢直播:基因家族分析》《慢直播:R语言与单细胞转录组数据分析》。
2、使用R语言的程序包Ballgown对Stringtie的组装结果提取分析 setwd("D:\\Rworkplace\\ballgown") sample<-read.csv("sample.csv") bg = ballgown(dataDir='./', samplePattern='SRA', pData=sample) bg_filt=subset(bg,"rowVars(texpr(bg))>1",genomesubset=TRUE) ...
- CisGenome:一种基于R语言的多样本分析工具,支持多种统计学方法和可视化功能。 - ChIP-seqQC:一种基于Python的多样本分析工具,提供了全面的数据分析和质量控制功能。 三、转录因子ChIP-seq数据分析方法的挑战与未来发展方向 转录因子ChIP-seq数据分析方法虽然在近年来取得了显著的进展,但仍面临一些挑战。以下是一些...
main_gibbs_sampling:完成一套完整的 gibbs_sampling 流程,可以设定迭代次数, 并将结果的概率矩阵输出成文本文件。 R_plot:将结果使用 R 语言绘制成基序图。 对于主要算法的实现函数 get_hits,设计如下: 使用变量: self.sequences:测序读段序列列表。
用R语言进行Cox回归生存分析 使用kmplot在线进行生存分析 肿瘤数据库 ICGC:国际肿瘤基因组协会简介 HPA:人类蛋白图谱数据库 Oncomine:肿瘤芯片数据库 ONGene:基于文献检索的肿瘤基因数据库 oncomirdb:肿瘤相关的miRNA数据库 TSGene:肿瘤抑癌基因数据库 NCG:肿瘤驱动基因数据库 mutagene:肿瘤突变频谱数据库 CCLE:肿瘤细胞...
TOP10高校博士,曾任国内知名多组学技术服务公司技术负责人,全面负责多组学生信流程搭建。8年生信分析经验,4年生信培训经验,编写17款多组学分析软件(著作权已下证),擅长R、Perl、Python等编程语言和多组学大数据分析。 学习 1. PC 端:学员可以在PC端进行学习,方法是在网站"www.keyandaydayup.com"中点击视频课。