chip peak越多,phantom peak越少,则NSC和RSC的值越高,数据质量越好。 在encode的数据集中,好的chip实验对应的这两个指标数值范围在5到12之间,但是他们也发现确实有些chip实验没问题,但是这两个指标的值很低,同时这两个指标和FRip socre之间有一定的相关性,所以实际分析中,这两个指标也可以看做一个chip质量的软...
chipObj <- ChIPQC(samples) chipObj #会输出FRiP值,是一个数据质量的参考指标,表示Peak中reads数占整体reads数的情况;此外还会输出一个RelCC(即RSC)值,也是判断数据质量的指标,但这里ChIPQC输出的是根据Peak区域来的,建议同时进行全基因组窗口扫描分析得到的NSC和RSC值,参考网站: https://github.com/kundajelab...
尽管有部分reads未完全比对到参考基因组上,但免疫富集质量很高,如NSC和RSC值所示,并且H3K4me3重复样本的FRiP得分很高。总体而言,通过分析得出,可以成功地将ChIP-seq适应于B. dorsalis的研究,并可以为基因组层面的调控分析提供足够的数据。 图1. 实验设计和数据分析概述。 2. 聚类分析 ...
NSC值稍微低于1.05,有较低的信噪比或很少的峰,这肯能是生物学真实现象,比如有的因子在特定组织类型中只有很少的结合位点;也可能确实是数据质量差。 Relative strand cross-correlation coefficient (RSC):RSC是片段长度相关值减去背景相关值除以phantom-peak相关值减去背景相关值。RSC的最小值可能是0,表示无信号;富集...
尽管有部分reads未完全比对到参考基因组上,但免疫富集质量很高,如NSC和RSC值所示,并且H3K4me3重复样本的FRiP得分很高。总体而言,通过分析得出,可以成功地将ChIP-seq适应于B. dorsalis的研究,并可以为基因组层面的调控分析提供足够的数据。 图1. 实验设计和数据分析概述。
NSC值稍微低于1.05,有较低的信噪比或很少的峰,这肯能是生物学真实现象,比如有的因子在特定组织类型中只有很少的结合位点;也可能确实是数据质量差。Relative strand cross-correlation coefficient (RSC):RSC是片段长度相关值减去背景相关值除以phantom-peak相关值减去背景相关值。RSC的最小值可能是0,表示无信号;富集好...
ENCODE评估数据质量采用多种指标,如前面已经讨论过的链相关的指标NSC和RSC。这一节将会讨论评估信号分布的其他指标。 NOTE:这里给出的评估指标只是反映数据质量的好坏,符合阈值的并不意味着实验是成功的,不符合阈值的也不一定意味着失败。 2.常见质量评估指标的介绍 SSD SSD值是对富集效果的评估。SSD值依赖于全基因...
NSC:相对链互相关系系数,一般不低于 1.05 RSC:reads长度矫正后链相互关系系数, 一般不低于0.8 5. 峰检出 转录因子、组蛋白等蛋白结合位点的注释是探究其调节机制和功能的重要信息。近年来随着新一代测序技术的发展,将染色质免疫沉淀后的DNA直接进行高通量测序,对比基准基因(reference sequence)可直接获得蛋白与DNA的结...
(Figs. 4G, 5A,B; Fig. 7, below). In general, we observe a continuum between the two extremes, andbroad-source data sets are expected to have flatter cross-correlation profiles than point-sources, even when they are of very high quality.As expected, the NSC/RSC and FRiP metrics are ...
be due to failed and poor quality ChIP, low read sequence quality and hence lots of mismappings, shallow sequencing depth (significantly below saturation) or a combination of these. Like the NSC, datasets with few binding sites (< 200) which is biologically justifiable also show low RSC ...