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在github上找到了前人写的脚本bedgraph_to_wig.pl,具体链接如下:https://gist.github.com/svigneau/8846527下载好文件后执行 (labwork) [root@iZ2zebk4neyvx6t6oy7ge2Z ~]# perl bedgraph_to_wig.pl --bedgraph STAT1_6h_IFNa_treat_pileup.bdg --wig STAT1_6h_IFNa.wig --step 50 之后重复命令,把剩...
①https://yiweiniu.github.io/blog/2019/03/ATAC-seq-data-analysis-from-FASTQ-to-peaks/ ②https...
将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与二代测序技术相结合就有了ChIP-seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片段进行高通量测...
pip install git+https://github.com/ewels/MultiQC.git # conda安装 conda install-y bioconda multiqc 直接指定MultiQC要分析的文件路径即可,若数据在当前目录下输入multiqc ./即可。 并不是很好 GC含量还可以 以上为简要介绍,更多精彩内容可以参加**生信入门课** ...
哈佛深度NGS数据分析课程https://github.com/hbctraining/In-depth-NGS-Data-Analysis-Course/tree/master/sessionV/lessons04_ChIP-Seq Quality Assessment: Cross-correlationhttps://github.com/hbctraining/In-depth-NGS-Data-Analysis-Course/blob/master/sessionV/lessons/04_QC_cross_correlation.md...
https://github.com/crukci-bioinformatics/chipseq-pipeline https://github.com/ENCODE-DCC/chip-seq-pipeline Hands-on introduction to ChIP-seq analysis - VIB Traininghttp://www.biologie.ens.fr/~mthomas/other/chip-seq-training/ video(A Step-by-Step Guide to ChIP-Seq Data Analysis Webinar) :ht...
在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后,我们将希望将我们的读取与基因组对齐,以便识别任何基因组位置显示比对读取高于背景的富集。 由于ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对,我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。
ChIP-seq流程结果文件解读,接前面文章:ChIP-seq|ATAC-seq|RNA-seq|数据分析流程前面已经把pipeline跑完了,但是关于结果的解读还是不清楚,这里来深入探讨一下。复习:pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC/chip-seq-pipeline2