实际上表观组学的数据都会用到Peak calling这个概念,都是抓取特定区域的DNA片段,通过测序定量地看这些区域的reads数量,得到Peak 在基因组上的位置信息、peak 富集信息等等 也就是老熊在上一文中解释过的:测序得到的 DNA 片段匹配映射到参考...
实际上表观组学的数据都会用到Peak calling这个概念,都是抓取特定区域的DNA片段,通过测序定量地看这些区域的reads数量,得到Peak 在基因组上的位置信息、peak 富集信息等等 也就是老熊在上一文中解释过的:测序得到的 DNA 片段匹配映射到参考基因组,这些DNA片段其实是随机的,靶蛋白结合的片段越多,测序获得的数据就越...
这将引导您完成正常 ChIPseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、...
makeTagDirectory STAT1_30m_IFNa_tagdir /root/Bowtie2/STAT1_30m_IFNa.bam getDifferentialPeaks STAT1_30m_IFNa_peaks.narrowPeak STAT1_30m_IFNa_tagdir/ STAT1_6h_IFNa_tagdir/ > IFNa20m_diff_peaks.txt getDifferentialPeaks STAT1_6h_IFNa_peaks.narrowPeak STAT1_6h_IFNa_tagdir/ STAT1_30m_IFNa_tagdi...
Solving the differential peak calling problem in ChIP-seq dataManuel Allhoff
peak calling differential binding analysis controling the false discovery rate peak annotation visualization motif analysis ChIP 分析可以识别出DNA-蛋白质结合物、酶、修饰的组蛋白、伴侣蛋白质、核小体和转录因子,并阐明这些DNA-蛋白质结合物在基因表达以及其他生物学进程中的作用 ...
peak calling 概述 峰的注释 part 2 Part_3 本节介绍Bioconductor Session部分对ChIPseq数据的分析: TF靶标的功能富集分析 与GREAT 服务器的R 接口 使用Meme-ChIP 富集合 part 3 Part_4 本节介绍Bioconductor Session部分对ChIPseq数据的分析: 鉴定重复的、高置信度的峰 查找条件特有和共有的峰值 Differential ChI...
PePr下载和使用:GitHub - shawnzhangyx/PePr: a peak-calling and differential analysis tool for replicated ChIP-Seq data 提前安装的软件和文件:sratoolkit;fastq;bowtie2;samtools;PePr; 参考基因组:hg38 从原始数据到差异Peak 原始数据下载: prefetch SRRXXXXXX ...
其核心步骤包括：首先，甲醛固定蛋白质与DNA的结合；接着，通过免疫共沉淀和测序，得到特定蛋白结合的DNA片段（峰图）；最后，通过数据分析，如 Peak calling 和 Peak annotation，解读峰的位置、强度和功能注释。ChIP-seq的结果图如峰图、韦恩图和logo图等形式，揭示了基因组区域的蛋白质-DNA相互作用模式...
接下来,是ChIP-seq的核心分析=》鉴定感兴趣因子富集区域(称作peak calling),有了peaks以后,还可以再来一次ChIP-seq针对性的质控; 每一步都要进行可视化看看数据如何; 在peak calling步骤后,确保peaks能准确匹配结合区域是很重要的。如果实验涉及到多个实验条件或者多个重复,那么就需要进行样本间的比较;另外还有差异结合...