生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据fastq之外,还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如bed、bed1… 生信宝典 ...发表于生信宝典 生信分析流程构建的几大流派 Openbiox 生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗?
本次教程将帮助大家利用交互式生信数据分析利器galaxy分析chip-seq数据 什么是chip-seq chip-seq是染色质免疫共沉淀-测序, 被用于分析蛋白质与DNA的交互作用,该技术将染色质免疫沉淀(ChIP)与大规模并行DNA测序结合起来以鉴定与DNA相关蛋白的结合部位。其可被用于精确绘制任意目的蛋白在全基因组上的结合位点, 如下图是...
生信分析:NG-拟南芥雄配子发生-ChIP-seq数据分析 前一篇推送已经与大家分享了近期吴柘团队发表在NG上的拟南芥雄配子发生过程染色质特征的文章。 这篇文章涉及的数据有ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq,分析上整体不是特别复杂,但是对于H3K4me3和H3K27me3两种组蛋白修饰的ChIP-seq分析还是比较经典,而且作者在github上(https...
生物学重复主要有两个用途:一个是证明所涉及的生物学实验操作是可以重复的且变异不大,另一个是为了确保后续的差异基因分析得到更可靠的结果。样品间相关性分析是检验实验可靠性和样本选择是否合理的重要指标。相关系数越接近1,表明样品之间表达模式的相似度越高。 图4-2 样品相关系数热图 样品的相关系数热图,样品间...
57 使用DESeq2进行转录组测序差异表达基因分析,方便挖掘GEO数据库 05:53 微生信-带填充的垂直堆叠柱状图绘制教程 03:35 微生信平台ClusterProfiler GSEA基因集富集分析 11:59 微生信云平台圆形相关系数图绘制 05:12 微生信平台基因表达热图+趋势box组合图绘制步骤 06:52 微生信平台成面积比例文恩图绘制教程 07:41...
生信基础：ChIP-seq流程与结果解读ChIP-seq实验流程主要包括以下步骤:1. DNA与蛋白质交联: 通过细胞渗透性增强和甲醛处理，目标蛋白与DNA发生交联，随后进行细胞裂解和核DNA提取。2. 染色体片段化: 通过超声破碎或核酸酶消化，将染色体片段化。实验组使用超声产物与抗体-磁珠结合，对照组则直接解交联DNA。3...
利用交互式生信分析工具银河（Galaxy）进行ChIP-seq数据分析的教程，无需编程，直接从数据下载到结果展示。ChIP-seq是研究蛋白质与DNA交互作用的高通量测序技术，结合染色质免疫沉淀（ChIP）与大规模并行测序，以精确绘制特定蛋白在全基因组范围内的结合位点。教程大纲：一、数据预处理 - 获取数据 从ENCODE...
【Webinar】 ChIP & ChIP-Seq实验原理与成功要素及NGS测序数据分析解读 CST_Lifesciences 【生信技能树】全外显子测序数据分析重制课程-1-15 Apollo_胸外 58510 18:26 RNA-seq原理介绍 beryyyyyyy 4.1万261 中国科学院大学《高通量测序数据分析技术》
在生信研究中,各式的seq数据一直是深受生信人喜爱的研究样本来源。Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据,包括转录因子、染色质调控因子、组蛋白修饰等五万多个样本数据,是目前公认最全面的ChIP-seq数据库之一。而UCSC Genome Browser是当前业内最有名、应用最广泛的基因组浏览器。今...
首先视频免费共享在B站:【生信技能树】Chip-seq测序数据分析ChIP-SEQ实战演练的素材:链接:https://share.weiyun.com/53CwQ8B 密码:ju3rrh, 包括一些公司PPT,综述以及文献 ChIP-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 ...