而目前启动子区域没有明确定义,在基因内部或距离TSS 2.5kb的peak被认为是靶基因,所以我们在文章中经常可以看到统计reads 在TSS 2.5 kb以内富集强度的分析图:峰图(左)和热图(右) 另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多...
七、 可视化 接下来就是作图了, 关于chip-seq的可视化结果中最常见的就是热图了, 为了做热图, 我们需要使用deepTools → bamCompare先对我们的数据进行标准化处理 像上图一样对第二个重复样本也操作一遍 分别将两个文件命名为R1 normalized和R2normalized 然后, 因为我们想绘制基因周围的富集,所以我们需要下载基因注...
整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号,并通过plotHeatmap和plotProfile函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。 用法 computeMatrix computeMatrix提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号 compute...
而目前启动子区域没有明确定义,在基因内部或距离TSS 2.5kb的peak被认为是靶基因,所以我们在文章中经常可以看到统计reads 在TSS 2.5 kb以内富集强度的分析图:峰图(左)和热图(右) 另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他...
而目前启动子区域没有明确定义,在基因内部或距离TSS 2.5kb的peak被认为是靶基因,所以我们在文章中经常可以看到统计reads 在TSS 2.5 kb以内富集强度的分析图:峰图(左)和热图(右) 另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多...
*热图根据(A)中亲本细胞中METTL14水平的降序排列。H3K4me3和H3K27me3 ChIP-seq两个重复。 (2)METTL14 缺失导致二价结构域的H3K27me3降低和H3K4me3水平升高 图2:METTL14调控二价结构域的组蛋白修饰 (A-B)亲本细胞系和Mettl14-KO细胞系中二价结构域(n=4863)处H3K27me3(A)和H3K4me3(B)的平均富集聚合图。
每个EAC hypoDMR的DNA甲基化水平热图。每列表示一个样本,行按EAC和NGEJ之间的delta平均甲基化排序(左)。在EAC肿瘤和NGEJ样本(右)之间使用FDR截止值的单尾t检验鉴定EAC ts hypoDMR<0.05。堆叠条形图显示与不同基因组特征重叠的ts hypoDMR比例。 C-D. EAC(C)或ESCC(D)ts-hypoDMRs及其各自亚型中与相应非恶性...
差异分析完成,看一下差异热图。热图需要表达矩阵,这里把count转换成TPM再画热图 # count 转换成TPM gene_length <- fread('mm_gene_length.txt') gene_length <- as.data.frame(gene_length) gene_length <- gene_length[!duplicated(gene_length$id),] ...
deeptools 提供了 computeMatrix 命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号，并通过 plotHeatmap 和 plotProfile 函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。computeMatrix 提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号 --scoreFileName, -S ：输入的bw文件，可以是校正后的bw文件 --regionsFileName, -R ...
差异分析完成,看一下差异热图。热图需要表达矩阵,这里把count转换成TPM再画热图 # count 转换成TPM gene_length <- fread('mm_gene_length.txt') gene_length <- as.data.frame(gene_length) gene_length <- gene_length[!duplicated(gene_length$id),] ...