他们通过对DIPG细胞系和GBM-1特异性增强子区域进行motif富集分析,发现二者都有高表达水平,并且在二者特异性增强子中显著富集H3 K27 Ac的TF被鉴定为特异性活性基序。 但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此...
而目前启动子区域没有明确定义,在基因内部或距离TSS 2.5kb的peak被认为是靶基因,所以我们在文章中经常可以看到统计reads 在TSS 2.5 kb以内富集强度的分析图:峰图(左)和热图(右) 另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多...
而目前启动子区域没有明确定义,在基因内部或距离TSS 2.5kb的peak被认为是靶基因,所以我们在文章中经常可以看到统计reads 在TSS 2.5 kb以内富集强度的分析图:峰图(左)和热图(右) 另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他...
而目前启动子区域没有明确定义,在基因内部或距离TSS 2.5kb的peak被认为是靶基因,所以我们在文章中经常可以看到统计reads 在TSS 2.5 kb以内富集强度的分析图:峰图(左)和热图(右) 另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多...
整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号,并通过plotHeatmap和plotProfile函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。 用法 computeMatrix computeMatrix提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号 ...
deeptools 提供了 computeMatrix 命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号，并通过 plotHeatmap 和 plotProfile 函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。computeMatrix 提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号 --scoreFileName, -S ：输入的bw文件，可以是校正后的bw文件 --regionsFileName, -R ...
H3K4me3 peaks和DNA甲基化之间的重叠显示在基因组浏览器快照中,显示了HOXA发育基因簇(A)的ChIP-seq轨迹(蓝色)、MACS2 calling的H3K4me3 peaks(深蓝色)、WGBS轨迹(黑色)、CpG岛位点轨迹(红色,UCSC)和GC百分比热图(蓝色,低GC %;白色,50% GC;红色,高GC %),染色质修饰蛋白ARID5B (B),精原细胞标记物ZBTB16/PLZ...
差异分析完成,看一下差异热图。热图需要表达矩阵,这里把count转换成TPM再画热图 # count 转换成TPM gene_length <- fread('mm_gene_length.txt') gene_length <- as.data.frame(gene_length) gene_length <- gene_length[!duplicated(gene_length$id),] ...
热图表示不同类型癌症中VIM-AS1表达和cg02746869甲基化模式(左图)。cg02746869位点的beta值与VIM-AS1表达水平的相关性分析(右图)。在THLE2和HUH1中cg02746869位点的甲基化和相关VIM-AS1表达。在DNMT3A实验组中使用HRM和BS-seq验证甲基化水平增加,并检测到VIM-AS1表达下调。在TET1实验组中使用HRM和BS-seq验证甲基化...
图 3A还显示,有一些样本具有高度的GC丰富性(>60%)或具有较低的Bu评分(<0.8)。该结果表明,从样品中获得的峰不太可靠,应在比较分析中小心处理。最后,使用基于读取分布的相关热图进行样本间比较(图3B)是识别其他可疑样本的好方法,例如错误标记的样本或人为引入的错误。