而目前启动子区域没有明确定义,在基因内部或距离TSS 2.5kb的peak被认为是靶基因,所以我们在文章中经常可以看到统计reads 在TSS 2.5 kb以内富集强度的分析图:峰图(左)和热图(右) 另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他...
deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号,并通过plotHeatmap和plotProfile函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。 用法 computeMatrix computeMatrix提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号 computeMatrix scale-regions:以一段区域为参考系,将所有参考的基因组区域缩放至指定的区域长度,...
Step1 : 想将矩阵转换成binary matrix(文章多次提到需要将peak-cell matrix 进行binary ,可能是保证单个细胞单个位点DNA 覆盖度只能为0/1 ;和sc-RNA-seq 可能不一样) Step2: 进行TF-IDF进行权重校正,好像是自然语言处理里对一篇文章中,每一个字出现的概率进行校正,当这个字在多个文章中出现越不重要,当这个字在...
默认FALSE,ChIPseq数据通常情况下是没有正负链信息,但不排除特殊情况,可以给你的peak分别赋正负链,然后传入sameStrand=TRUE,分开做两次,你就可以分开拿到正链和负链的最近基因。总之,较少见 1.3.4.nearest相对整个基因 ignoreOverlap=TRUE 忽略当peak和TSS有overlap时,两种注释都指向同一个基因的冗杂信息,最近基因会去...
我们在计算ChIP-seq相关性时候,有两种情况,当我们数据没有重复时候,对样本直接进行相关性计算即可;不合并样本,检测样本相关性在 linux 环境下得到矩阵(也可以出图,但是我们一般是只要数据,图自己画)# https://deeptools./en/develop/content/tools/multiBigwigSummary.html# https://deeptools./en/develop/content/...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图，并没有说明具体的差异以及...
怎么办? 可以用for循环实现简单的“断点重新下载”: for i in $(seq 1 100) do prefetch --option-list srrID_list.txt done 如果文件不多,只有二三十多个,基本上挂一晚上就能下载完。 2.1.2 使用 Fasterq-dump 将sra文件转为fastq文件 fasterq-dump -e 10 --split-3 SRRxxx.sra # -e 线程数 注:也...
今天有个公众号粉丝问了小编一个问题,他想用前面讲过的EnhancedVolcano这个R包去绘制火山图来展示ChIP-Seq peak结果。这可让小编眼前一亮,也感到相当的欣慰。学以致用,举一反三才是学习的最终目的。接下来我们来看看这位粉丝的成果吧。 数据结构如下,由于数据是这位粉丝的,我就不提供完整的数据了。只要包含下面三...
结合RNA-seq数据与ChIP-seq数据,推测转录因子的激活/抑制作用,以及被激活和被抑制的靶基因。 结合模式的热图聚类 根据组蛋白修饰和转录因子在某一转录因子结合位点附近的结合信号,进行聚类分析,推测转录因子的作用机制。 数据关联度的统计 结合大规模ChIP-seq公共数据,进行数据关联度统计,有助于找到相互间协同作用的转...
seqnames peak所在染色体 start peak起始位置 end peak终止位置 width peak长度 strand 正负链信息 V4 同Peak文件第4列,peakname,peak的名字 V5 同Peak文件第5列,callPeak的置信度分数,计算方法为int(-10*log10Pvalue) V6 同Peak文件第6列,与上述strand列一致,表示正负链信息 annotation peak注释信息(对于注释到...