ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的强大技术。通过ChIP-seq,我们能够识别特定蛋白质结合的DNA区域。ChIP-seq数据分析图通常包括多种图形,如峰值图(peak profiles)、热图(heatmaps)、基因组浏览器视图(genome browser views)等。这些图形可以帮助研究人员直观地了解蛋白质在基因组上的结...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性更大,从而鉴定出靶蛋白binding的 motif。 基本上这就是ChIP-seq的全部流程,...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性...
ChIP用来确定蛋白质与DNA相互作用情况,所以目前的ChIP-Seq 研究主要包括两大类应用——TF ChIP 和Histone ChIP: 首先聊聊转录因子的ChIP-seq: 我们要知道转录因子(Transcription factor,TF)是能够结合在某基因上游5’端特异序列上的蛋白质,它作为反式作用因子,与真核基因的顺式作用元件比如启动子、增强子等发生特异...
新手,刚做完一个ChIP-Seq项目的分析,来记录一下,会分好几篇。 首先是下机数据fastqc之后会生成一个html格式的报告,根据报告可以看出自己数据的特点,便于之后clean的参数设置。以下是fastqc(v0.11.5)报告的内容说明(以自己的数据为例,经公司粗过滤后的下机数据)有网上搜索到的也有自己的体会: ...
下游Chip-seq数据分析 1.Y叔的R包学习——注释 参考y叔的ChIP-seq数据分析大礼包 示例: library(ChIPseeker) library(ggplot2) library(dplyr) library(org.Hs.eg.db) require(ChIPseeker) f 4]]#.bed文件,这里用包里的测试数据 require(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) ...
之前翻译了一篇单细胞ChIP文章单细胞ChIP-seq技术(CoBATCH) 看到有这个图,大概意思 :将H3K27ac 位点及其细胞分别进行了层次聚类,使用HOMER进行每个enhancer module de nove TF, 使用GREAT进行GO富集分析。使用二项分布进行P-Value。 image.png 以为就是行是很多peak 位置,列是不同细胞的count matrix聚类热图,用pheat...
项目名称:染色质免疫共沉淀测序ChIP-Seq结题报告(解读) 所属分类:生物信息学分析-报告解读 联系电话:020-85625352 QQ:386244141 Email:servers@gzscbio.com 技术服务描述 此文为Chip-seq报告的解读文件: 以下红字灰色背景为每一小节的结果解读信息 结果解读位于每一小节末尾 1. 工作流程 染色体免疫共沉淀(ChIP)...
ChIP-seq结果绘图经典R包-ChIPseeker 导语 GUIDE ╲ ChIPseeker包的原创者是南方医科大学Y叔大佬,设计的最初目的是用于ChIP-seq数据的macs peak calling结果分析以及结果可视化,后来逐渐也适用于相关的peak分析(ATAC-seq,DNase-seq)。 背景介绍 今天小编给大家带来的是ChIP-seq数据分析中必备的R包--ChIPseeker的使用...
ChIPseeker作为一个功能强大表观基因组富集分析包,应用范围不局限于ChIP-seq,还可以扩展到其他各种peak的注释和lncRNA的注释,它的可视化功能也是十分强大。相信小伙伴们也对它有了更深刻的了解! 大家如果有什么想学习的可以在后台联系小编哦!慢慢给大家安排上!