ChIP-Seq:用于构建目的蛋白的DNA互作组数据,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异。 ChIP-qPCR:用于验证目的蛋白和候选DNA的相互作用关系,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作变化。 ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证技术价值: (1)蛋白与DNA相互作用数据,是探究转录调控机制研究的重要内容,体现机制研究的深度,能...
为在细胞内验证并扩展c-di-AMP的变构调节作用,研究人员利用染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)来分析在红霉素产生菌Saccharopolyspora erythraea中c-di-AMP升高对DasR依赖的全基因组影响。野生型S. erythraea和DisA过表达菌株在TSB液体培养基中生长,并使用特定的抗DasR抗体进行ChIP-seq实验。每个菌株的总input DNA(非免疫沉...
组蛋白ChIP-seq研究有2种思路:组蛋白修饰功能未知,根据ChIP-seq识别的序列信息,来推测这种修饰的功能;组蛋白修饰功能已知,利用ChIP-seq识别这种组蛋白修饰标记的特定基因和区域,进一步研究这些基因或区域的功能。另外,组蛋白修饰并不是单独发挥作用影响基因的表达,所以大部分组蛋白ChIP-seq会联合多种组学技术,从多个方向...
传统蛋白质DNA互作研究常用的有凝胶阻滞,酵母杂交,ChIP-Seq等,其中ChIP-Seq可以完整的反映与靶蛋白结合的DNA序列,是蛋白质与DNA互作的经典方法。 但是近年来CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagment)作为一种新兴的DNA蛋白互作研究技术,凭借其信噪比高,可重复性好,实验周期更快等优势,在植物以及动物细胞中的成功...
在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 本期易基因小编为您介绍ChIP-seq的主要研究方向、研究思路(前期探索性实验、数据挖掘思路、下游实验设计)、并聚焦ChIP-...
染色质免疫共沉淀测序CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步:1)整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。2)筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的...
CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
技术平台:ChIP-seq、RNA-seq等 研究摘要 本研究构建了一个可追踪的骨肉瘤小鼠模型,该模型通过单敲除Trp53(SKO)或双敲除Wwox/Trp53(DKO)并表达tdTomato报告基因。通过追踪不同时间点的Tomato表达,研究者在非骨肉瘤携带小鼠骨髓(bone marrow)间充质干细胞(Mesenchymal stem cells ,MSC) (young BM,年轻BM)中检测到...
本研究分析结果解释了FoxO1在OC患者的临床样本中高表达,且与预后不良显著相关。FoxO1敲低在体外和体内抑制OC细胞增殖。ChIP-seq结合GEPIA2和Kaplan-Meier数据库分析表明,4号染色体的结构维持(SMC4)是FoxO1的下游靶标,FoxO1通过与其-1400/-1390 bp启动子结合来促进SMC4转录。SMC4高表达显著阻断了FoxO1敲低的肿瘤抑制...