染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效...
Chip和Chip-seq是常用于研究基因组中染色质和蛋白质相互作用的实验技术。Chip实验用于检测染色质中特定蛋白质与DNA之间的相互作用。该技术通过使用特异性抗体与染色质中的目标蛋白质结合，并利用免疫沉淀、洗涤和DNA提取等步骤来分离和富集特定DNA序列。通过这种方式，可以获取与目标蛋白质结合的DNA序列。Chip...
在数据分析过程中,因为所有和测序相关的步骤可能都会含有reads quality control和mapping,下面直接从ChIP-Seq特有的peak calling 步骤开始阐述。 peak calling peak finders是指用于ChIP-Seq数据分析的软件包,一般常用来detect染色体区域上的特征峰,peak calling的步骤主要使用peak finders来完成。 ...
二、干货系列:染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路 CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差...
与实时荧光定量 PCR 结合的 ChIP-qPCR,常用于检测蛋白质与特定位点的 DNA 是否有结合及结合的强度;与基因芯片结合的 ChIP-on-chip,广泛应用于特定靶标的高通量筛选;与高通量测序结合的 ChIP-seq,越来越多地被用于分析目标蛋白的全基因组结合情况。交联染色质免疫共沉淀 (Crosslinked ChIP, XChIP)需要交联固定,...
ChIP-seq技术介绍|易基因 大家好,这里是专注表观组学十余年,多组学科研服务领跑者的易基因。 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序...
ChIP-seq技术 将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与二代测序技术相结合就有了ChIP-seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片...
ChIP-seq技术简介 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。
ChIP-seq或染色质免疫沉淀和测序是一种技术,允许研究人员通过在全基因组范围内绘制蛋白质-DNA相互作用和表观遗传标记来理解转录调控。与以前的方法相比,ChIP-seq具有几个优点,例如ChIP芯片,但与所有技术一样,ChIP-seq也有其局限性。 ChIP-seq ChIP-seq是下一代测序的首批应用之一,该测序是在2000年代中期开发的。其...