首先来简单介绍一下什么是ChIP-seq: 染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作...
1,打开染色体分布绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开染色体分布绘图页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。也可以在主页搜索框中搜索chromosome,找到绘图页面。 https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_up_down_gene_chromsome_distribution_plot_095 图2.染...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区...
通常我们可以将ChIP-seq、MeRIP-seq、eccDNA等高通量测序的分析结果简化为染色体上的一些区域,即chr:start-end。将获得的结果在染色体上进行可视化不仅能够看出感兴趣区域的染色体分布和密度,而且能够展示多个条件下差异情况,非常形象。常见的展示方式有条形和圆形(circos)。今天我们来看下条形展示方式。 1,打开染色体分布...
ChIPseeker作为一个功能强大表观基因组富集分析包,应用范围不局限于ChIP-seq,还可以扩展到其他各种peak的注释和lncRNA的注释,它的可视化功能也是十分强大。相信小伙伴们也对它有了更深刻的了解! 大家如果有什么想学习的可以在后台联系小编哦!慢慢给大家安排上!
鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他...
1 ChIP-Seq分析结果:peaks相关性绘图 第五步,ChIP-Seq-correlation。 ChIP-Seq和RNA-Seq的.bw文件都可以放在IGV进行可视化比较,但是要说明ChIP-Seq数据的相关性就需要另外的处理,一般是deeptools。 因为ChIP-Seq数据无法通过基因为单位进行定量。 这个程序是以KB为长度进行定量。
首先我是在GEO数据库检索,想知道是否有人做了我这个转录因子的ChIP-seq,如下操作: 第一个出现的多少个关于HepG2的研究,下面的数字代表着有多少个关于HepG2的样本;很明显,研究是大于样本数的,因为一个研究不可能只有一个样本。 进入之后,我这里好像没...
由于上述所列在线工具都是N年前的,所以我们使用ChIPSeeker R包搭建了一个简易的在线peak注释工具,可以对人、大鼠、小鼠的ChIP-seq,ATAC-seq,cut&tag等富集峰进行一键注释。 1,打开绘图页面 首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开ChIP-Seq富集峰注释页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描...
测序后，将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进行分析。一般来说，测序的原始读取首先通过Fastqc（www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/）或Fastx-toolkit（http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/）进行质量控制，以去除接头和其它污染序列，然后使用short-read绘图程序，如Bowtie（http://bowtiebio....