但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果:比如免疫共沉淀中抗体的特异性、细胞类型、起始样本量;再比如测序深度:对于转录因子最小5-10M,对于组蛋白修饰宽谱图则更高,标准为20-40M,随着测序深度增加,组蛋白修饰检测比例也会增加,最后达到平稳,测序深度饱和点取决于组蛋白修饰和所研究的物种基因...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性更大,从而鉴定出靶蛋白binding的 motif。 基本上这就是ChIP-seq的全部流程,...
将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与二代测序技术相结合就有了ChIP-seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片段进行高通量测...
一、CHIP-SEQ数据分析图的类型 Chip-seq数据分析图主要有几种类型,包括峰图(Peak Plot)、热图(Heatmap)、覆盖图(Coverage Plot)、元基因组图(Metagene Plot)和环形图(Circos Plot)。每种图表有不同的用途和特点,可以帮助研究人员从不同角度理解数据。
整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号,并通过plotHeatmap和plotProfile函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。 用法 computeMatrix computeMatrix提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号 ...
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
deeptools 提供了 computeMatrix 命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号，并通过 plotHeatmap 和 plotProfile 函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。computeMatrix 提供以下两种用法以不同的参考系计算ChIP-seq的信号 --scoreFileName, -S ：输入的bw文件，可以是校正后的bw文件 --regionsFileName, -R ...