但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果:比如免疫共沉淀中抗体的特异性、细胞类型、起始样本量;再比如测序深度:对于转录因子最小5-10M,对于组蛋白修饰宽谱图则更高,标准为20-40M,随着测序深度增加,组蛋白修饰检测比例也会增加,最后达到平稳,测序深度饱和点取决于组蛋白修饰和所研究的物种基因...
(A) 亲本细胞系和METTL14-KO细胞系中METTL14结合二价基因(n=1840),METTL14未结合二价基因(n=2044)和其他METTL14结合基因(n=641)的RNA-seq基因表达箱形图(log2(RPKM))p<0.0001(从左到右的精确p值:8.08-10、3.35e-01和5.09e-01),双侧t检验。 (B) 与图2G中的四组二价结构域相关的二价基因RNA-seq基...
(A) 亲本细胞系和METTL14-KO细胞系中METTL14结合二价基因(n=1840),METTL14未结合二价基因(n=2044)和其他METTL14结合基因(n=641)的RNA-seq基因表达箱形图(log2(RPKM))p<0.0001(从左到右的精确p值:8.08-10、3.35e-01和5.09e-01),双侧t检验。 (B) 与图2G中的四组二价结构域相关的二价基因RNA-seq基...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性更大,从而鉴定出靶蛋白binding的 motif。
技术平台:ChIP-seq、WGBS等 研究摘要: 对21个ESCC组织、5个非恶性食管鳞状(NESQ)组织、12个EAC/GEJ肿瘤组织和7个非恶性GEJ(NGEJ)组织在内的两种不同食管癌亚型及其相应的非恶性组织,共计45例食管样本的WGBS数据进行分析,并开发一种新的sequence-aware方法鉴定大范围的PMD,揭示肿瘤样本中PMD甲基化水平和基因组分...
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
一、CHIP-SEQ数据分析图的类型 Chip-seq数据分析图主要有几种类型,包括峰图(Peak Plot)、热图(Heatmap)、覆盖图(Coverage Plot)、元基因组图(Metagene Plot)和环形图(Circos Plot)。每种图表有不同的用途和特点,可以帮助研究人员从不同角度理解数据。